35 0 0 0 OA メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築
- 著者
- 西村 瑠佳 井ノ上 逸朗
- 出版者
- 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会
- 雑誌
- JSBi Bioinformatics Review (ISSN:24357022)
- 巻号頁・発行日
- vol.4, no.2, pp.68-80, 2023 (Released:2023-11-01)
- 参考文献数
- 112
ウイルスはヒトの体内をはじめとする地球上の様々な場所に存在し、バイロームを構成する。このバイロームを解析するのにはメタゲノムデータまたはメタトランスクリプトームデータを用い、バイオインフォマティクス技術を駆使したウイルスゲノムの網羅的探索が必要となる。ウイルスゲノムの探索には既知のウイルスゲノム配列を基にした相同性検索に加え、近年では様々な手法が用いられるようになった。さらに、こうして探索された多数のウイルスゲノムを基に、バイロームを構成するウイルス組成や宿主との関連性が調べられている。本稿ではウイルスの探索とバイローム解析に使われるバイオインフォマティクス解析手法を紹介し、バイローム研究結果の概要や問題点などを概説する。
言及状況
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バイオインフォマティクスを駆使したウイルス探索やバイロームに関する初学者向けの日本語総説をボスの井ノ上先生と執筆しました
Primers1編目は、総研大・西村さんらによる「メタゲノムデータからのウイルス探索とバイローム構築」です。メタゲノムデータからウイルスを見つけるためのバイオインフォ技術を広く解説いただきました。https://t.co/WUrV0uWKqC