著者

滝沢 雅俊

出版者

Waseda University

巻号頁・発行日

2004

---

機能や構造未知のタンパク質のアミノ酸配列を問い合わせ配列とし、データベース中から、進化的に類縁関係にあるアミノ酸配列を収集する方法を相同性検索とよぶ。現在までに、BLASTやFASTAなど様々な相同性検索手法が開発されてきたが、検索精度を更に向上させることが求められている。本研究では、複数の検索手法について2手法の組み合わせを行うことにより、検索精度の向上を目指し、タンパク質ペアのE-valueによって、union、intersection操作を使い分ける手法を提案する。 E-value閾値3.0*E-3において、提案手法を適用したBLASTとFASTAの組み合わせでは、各手法単独で用いた場合と比較してspecificityを低下させることなく、BLASTのsensitivityを3.0%、FASTAのsensitivityを0.47%向上させることができた。