- 著者
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大上 雅史
石田 貴士
秋山 泰
- 雑誌
- 研究報告バイオ情報学(BIO)
- 巻号頁・発行日
- vol.2012, no.21, pp.1-3, 2012-06-21
タンパク質間ドッキング予測ソフトウェア MEGADOCK では,従来は形状相補性と静電相互作用の 2 つの効果を評価関数としていたが,本研究では新たに Atomic Contact Energy による疎水性相互作用モデルを提案し,MEGADOCK に追加した.MEGADOCK などの FFT を用いて計算されるグリッドベースのドッキング予測では,通常 3 つの効果を計算するために 2 回以上の相関関数計算を要するが,提案手法ではレセプターのみを考慮する新しい簡易型スコア関数によって,3 つの効果を 1 回の FFT 計算で同時に計算することが可能となり,高速性を損なわずに精度を向上させることに成功した.In this study, we proposed a new hydrophobic interaction model which applied Atomic Contact Energy for our protein-protein docking software called MEGADOCK in which we previously used only two score terms, namely, shape complementarity and electrostatic interaction. Using the proposed score function, MEGADOCK can calculate three phisico-chemical effects with only one correlation function. Therefore we succeeded improvement of accuracy without loosing speed.