著者

滝澤 真一朗 松田 元彦 丸山 直也

雑誌

ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集

巻号頁・発行日

vol.2014, pp.1-9, 2013-12-31

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計算科学アプリケーションにはアンサンブル計算や多数のデータ処理等,多数のタスクをワークフロー実行できるものが多くある.我々は大規模並列システムで実行されている計算科学アプリケーションのワークフロー実行パターンを抽出し,MapReduce プログラミングモデルにてワークフローを構築するための機能要件を精査した.その機能要件を満たすべく,MapReduce 処理系 K MapReduce に追加機能として実装した.計算科学アプリケーションワークフローの MapReduce 実装事例として,レプリカ交換分子動力学法シミュレーション,ゲノム変異解析アプリケーションを実装した.MapReduce を用いない実装との比較評価を行った結果,両者にて性能面での優位性を,後者では記述面での優位性も確認した.