著者

田中 翔 加藤 有己 関 浩之

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2009, no.25, pp.37-40, 2009-02-26

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シュードノットを含むRNAの2次構造予測に対するアプローチとして,文脈自由文法(CFG)より表現能力の高い形式文法(MCFQTAG等)の構文解析アルゴリズムに基づく手法が提案されている。また,汎用性と精度の向上を目指し,複数の1次構造同士の比較解析に基づく2次構造予測法もいくつか提案されている。本稿では,比較解析ができるようにMCFを拡張したペア確率多重文脈自由文法(Pair-SMCFG)を新たに定義し,これに基づくRNAの2次構造予測法を提案する。長さ70程度のRNA配列に対して2次構造予測を行ったところ,RNAの特定のファミリーに対する文法の特化を全く行わないという条件下であっても,適合率63.2%,再現率62.0%という結果を得た。Several methods for the prediction of RNA secondary structure including pseudoknots have been proposed based on parsing algorithms for formal grammars such as MCFG and TAG, of which generative power is greater than CFG. Also, comparative sequence analysis, which compares several RNAs and predicts their secondary structures, is a promissing approach. In this paper, we define pair-stochastic multiple context-free grammar (Pair-SMCFG) and propose a prediction method based on Pair-SMCFG. Pair-SMCFG is an extension of MCFG for comparative sequence analysis. Experimential results show that for RNA which have about 70 bases, the precision and recall of our algorithm are 63.2% and 62.0% respectively.