著者

古明地 勇人

出版者

Chem-Bio Informatics Society

雑誌

Chem-Bio Informatics Journal (ISSN:13476297)

巻号頁・発行日

vol.7, no.1, pp.12-23, 2007

被引用文献数

9

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ブルームーンアンサンブル法 (Carter et al., 1989, <I>Chem. Phys. Lett.</I> <B>156</B>, 472; Sprik & Ciccotti, 1998, <I>J. Chem. Phys.</I> <B>109</B>, 7737)は、指定された反応座標に沿って、自由エネルギー変化を計算する方法の一種である。ここでは、「粒子間距離」および「粒子間距離の差」を反応座標に取る場合についてブルームーン法のアルゴリズムを導出した。アルゴリズムの実装は、任意のプログラムに実装可能なように、フォートラン様の擬似コードを用いて説明した。