著者

望月 祐志 坂倉 耕太 秋永 宜伸 加藤 幸一郎 渡邊 啓正 沖山 佳生 中野 達也 古明地 勇人 奥沢 明 福澤 薫 田中 成典

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.16, no.5, pp.119-122, 2018 (Released:2018-01-30)

参考文献数

14

被引用文献数

8

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We have been developing the ABINIT-MP program for the fragment molecular orbital (FMO) method. The list of inter-fragment interaction energies (IFIEs) is available from FMO calculations and is useful in analyzing the nature of interactions in a given target system. In this Letter, we summarize the current status of ABINIT-MP and also the machine-learning assisted analyses of IFIE data.

著者

古明地 勇人

出版者

Chem-Bio Informatics Society

雑誌

Chem-Bio Informatics Journal (ISSN:13476297)

巻号頁・発行日

vol.7, no.1, pp.12-23, 2007

被引用文献数

9

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ブルームーンアンサンブル法 (Carter et al., 1989, <I>Chem. Phys. Lett.</I> <B>156</B>, 472; Sprik & Ciccotti, 1998, <I>J. Chem. Phys.</I> <B>109</B>, 7737)は、指定された反応座標に沿って、自由エネルギー変化を計算する方法の一種である。ここでは、「粒子間距離」および「粒子間距離の差」を反応座標に取る場合についてブルームーン法のアルゴリズムを導出した。アルゴリズムの実装は、任意のプログラムに実装可能なように、フォートラン様の擬似コードを用いて説明した。

著者

佐藤 真 山高 博 古明地 勇人 望月 祐志 中野 達也

出版者

基礎有機化学会(基礎有機化学連合討論会)

雑誌

基礎有機化学討論会要旨集(基礎有機化学連合討論会予稿集)

巻号頁・発行日

vol.2010, pp.2P10-2P10, 2011

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水性溶媒中での<I>t</I>-BuClの加水分解反応は、求核的溶媒関与(NSA)と求電子的溶媒関与(ESA)の反応に与える影響が長年の間議論の対象となっている。本研究ではフラグメント分子軌道法と分子動力学法を組み合わせたFMO-MDを利用して、溶媒分子をあらわに含んだ液滴モデルにおける、<I>t</I>-BuClの加水分解シミュレーションを行い、反応プロファイルの作成およびNSAとESAの定量的な評価を行った。