著者

小野 功 水口 尚亮 中島 直敏 小野 典彦 中田 秀基 松岡 聡 関口 智嗣 楯 真一

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) (ISSN:18827829)

巻号頁・発行日

vol.46, no.12, pp.396-406, 2005-08-15

被引用文献数

3

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本論文では,Ono らが提案したNMR 蛋白質立体構造決定のための遺伝アルゴリズム(GA)を,複数のWAN 上のPC クラスタ群から構成されるグリッド上で並列化したシステムを提案し,提案システムの性能評価を行った結果を報告する.提案システムは,マスタ,サブマスタ,ワーカから構成される階層的なマスタ・ワーカ方式を用いて並列化されている.マスタと各PC クラスタ間の通信はセキュアなGridRPC ミドルウェアNinf-G を用いて,また,PC クラスタ内の通信は高速なGridRPCミドルウェアNinf-1 を用いて実現されている.さらに,提案システムでは,Ninf-G によるインターネット上の通信遅延を隠蔽するため,スライド転送手法を導入している.5 サイト/1 196CPU から構成されるグリッドテストベッドで,78 残基からなる蛋白質の立体構造決定問題を用いて,提案システムの性能評価を行った結果,高い並列化効率を示すことが確認された.In this paper, we parallelize the genetic algorithm (GA) for NMR protein three-dimensional structure determination, which has been proposed by Ono et al., on a grid that consists of multiple PC clusters on the WAN and report some results on the performance evaluation of the proposed system. The proposed system is parallelized with the hierarchical master-worker paradigm and consists of a master, submasters and workers. The communication between the master and each PC cluster is realized with Ninf-G, which is a secure GridRPC middleware, and that in each PC cluster is implemented by using Ninf-1, which is a fast GridRPC middleware. In the proposed system, we employ the slide transfer technique in order to hide the latency of communication on the Internet by using Ninf-G. The experimental results on the grid testbed consisting of 5 sites/1,196 CPUs showed that the proposed system effectively utilized computing resources on the grid testbed when it was applied to a problem of determining the three-dimensional structure of a 78-residue protein.

著者

野底 武浩 車田 昌弥 儀間 悟 水口 尚

出版者

日本海水学会

雑誌

日本海水学会誌 (ISSN:03694550)

巻号頁・発行日

vol.72, no.2, pp.109-119, 2018 (Released:2019-09-18)

参考文献数

16

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蒸発倍率を向上させることを目的に,加熱蒸留部と非加熱蒸留部から構成される拡散式多重効用蒸留器を提案し,100 ℃で加熱される,加熱部と非加熱部の長さ比が1:1の10段効用蒸留器について,定常二次元のモデルを構築し数値解析を行った.各効用段の加熱部においては,蒸留の進行とともに溶液と凝縮水は昇温して蓄熱し,非加熱部においては放熱して温度を低下させ蒸留を継続させるとともに,溶液と凝縮水が持ち出す熱量を大幅に減少させた.この流出熱量の減少により,蒸発倍率は24 %向上した.総蒸発速度は,加熱蒸留部の長さを基準にすると50 %の向上,加熱部と非加熱部を合わせた長さを基準にすると25 %の低下であった.提案型蒸留器において,濃縮倍率を2倍から4倍に増加させた場合と,溶液の供給温度を30 ℃から60 ℃に上昇させた場合について数値解析を行い,濃縮倍率と供給温度の上昇により蒸発倍率がさらに向上することを示した.