文献一覧: 塚本貴志 (著者)

3 0 0 0 OA 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

著者: 塚本貴志加藤幸一郎加藤昭史中野達也望月祐志福澤薫
出版者: 日本コンピュータ化学会
雑誌: Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)
巻号頁・発行日: pp.2014-0039, (Released:2015-01-30)
参考文献数: 23
被引用文献数: 13 40

フラグメント分子軌道(Fragment Molecular Orbital; FMO)法はタンパク質などの巨大分子の電子状態計算を可能にする方法であり,FMO計算によって得られるフラグメント間相互作用エネルギー(Inter Fragment Interaction Energy; IFIE)がタンパク質-リガンド間相互作用などを理解する上で有用であるため創薬研究などに用いられている.本研究ではFMO計算プログラムABINIT-MP及びそのプリポストBioStation Viewerに,IFIEを静電相互作用エネルギー(ES),交換反発エネルギー(EX),電荷移動相互作用エネルギー(CT+mix),分散エネルギー(DI)の4つのエネルギー成分に分割・解析できる機能PIEDA (Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)を実装し,複数のタンパク質-リガンド系で実証計算を行った.その結果,ノイラミニダーゼ-オセルタミビル,EGFRチロシンキナーゼ-エルロチニブ,エストロゲン受容体-リガンド複合体の3つの系がそれぞれ異なる特徴的なタンパク質-リガンド間相互作用を持っていることが示され,IFIEを各エネルギー成分に分割して評価できるPIEDAの有用性が示された.

2019-10-05 17:44:12
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1 0 0 0 OA 密度汎関数法による水和したDNAの電子状態解析: DNA副溝内の水和水がHOMOに与える影響

著者: 塚本貴志 Yasuyuki Ishikawa 夏目貴行出立兼一 Marius J Vilkas 栗田典之
出版者: 公益社団法人日本化学会・情報化学部会
雑誌: Journal of Computer Aided Chemistry (ISSN:13458647)
巻号頁・発行日: vol.7, pp.190-200, 2006 (Released:2006-11-23)
参考文献数: 30

本研究では、DNAへの水和がDNAの電子状態、特に、DNA中の電荷移動に関係するフロンティア分子軌道の空間分布にどのような影響を与えるかを明らかにする目的で、中性子回折により得られた水和水を含むB型DNAに対し、密度汎関数法に基づくAb initio 分子軌道(MO)計算を行った。その結果、DNAの副溝内に水素結合する水分子に、ホール移動に関係するHOMO周辺のMOが分布することを明らかにした。従って、DNAの副溝への水分子の水素結合により、DNA中のホール移動の経路が変化する可能性がある。

2022-08-17 17:53:51
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1 0 0 0 OA 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

著者: 塚本貴志加藤幸一郎加藤昭史中野達也望月祐志福澤薫
出版者: 日本コンピュータ化学会
雑誌: Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)
巻号頁・発行日: vol.14, no.1, pp.1-9, 2015 (Released:2015-03-30)
参考文献数: 23
被引用文献数: 26 40

2021-08-30 16:43:23
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