著者

片岡 洋右 山田 祐理

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.14, no.1, pp.18-21, 2015 (Released:2015-03-30)

参考文献数

9

被引用文献数

1 1 1

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EXCELによる分子動力学プログラムを開発した.採用した分子模型はレナードージョーンズ関数である.実行方法,結果の読み方,設定条件の入力の仕方などを示した.ワークシートから系の状態を規定する温度と数密度を与える.熱力学量の他にニ体相関関数,積算配位数,平均ニ乗変位,速度自己相関関数,自己拡散係数などが計算できる.プログラムはEXCEL worksheet として付録に示される.

著者

山田 祐理 片岡 洋右

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.14, no.5, pp.172-176, 2015 (Released:2015-12-18)

参考文献数

10

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分子動力学(MD)法の初学者への入門のために,Wolfram MathematicaによるMDのプログラムを開発した.MD計算やその結果を解析するアルゴリズムを理解し易いように,扱う分子間相互作用はLennard-Jones 12–6ポテンシャル,MDセルは立方体,アンサンブルはNEVまたはNVTアンサンブルのみとした.Mathematicaのノートブックファイル内で,粒子数,数密度,温度などの計算条件を設定する.計算結果は,熱力学量のほかに粒子の軌跡,粒子配置,二体相関関数,速度自己相関関数,平均自乗変位および自己拡散係数が出力される.

著者

片岡 洋右 山田 祐理

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

ケモインフォマティクス討論会予稿集 第38回ケモインフォマティクス討論会 東京

巻号頁・発行日

pp.26-27, 2015 (Released:2015-10-01)

参考文献数

8

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固体の融解で得られる液体における分子運動を見やすくするために、面心立方格子の単位胞の融解を分子動力学法で調べた。その結果,基本セルに4個の系でも864分子系の融解同様に振動的運動に加えて拡散運動が存在するという分子運動の特徴が見えることが分かった。