著者

秋山 卓見 泉 直子 萩原 茂樹 米崎 直樹

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2007, no.21, pp.71-78, 2007-03-05

参考文献数

6

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近年の分子生物学の進展の中において,遺伝子ノックダウン実験による遺伝子調節ネットワークの解明が進んでいる.本研究では,それらを計算論的モデルを用いて捉えなおし,形式手法を反映したかたちで解析したすなわち,化学反応の活性/抑制関係を表現した,資源の取り合いを基本概念とする意味論を持つ形式オントロジーの公理を満たす,遺伝子調節量を表す数値間の演算の代数的制約と,そのインスタンスとなる関数を提案した.また,遺伝子調節ネットワークを解析した実験結果に適用し,ダブルノックダウン実験による遺伝子調節値を推定する計算式を提案した.The gene regulatory network obtained from the gene knockdown experiment is clarified in the progress of the molecular biology. In this paper, we capture those results by using the computational model, and analyze by a formal method, i.e. we proposed a numeric model of gene regulation reflecting our formal ontology that conceptualized promoting/inhibiting relation of the chemical reactions. Moreover, we formally defined requirements for gene regulation and functions which satisfy this requirements. Finally, we estimated the numerical value of the gene regulation by the double-knockdown experiment with this model.