著者

谷田 義明 松浦 東

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.14, no.3, pp.80-82, 2015 (Released:2015-09-30)

参考文献数

3

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We have applied alchemical free energy calculation of theophylline with an RNA aptamer with one or more ligand docking poses. We find that the predicted binding affinity strongly depends on the anchor's position at the receptor using only distance restraints; it means that a ligand is trapped at the other metastable states during the decoupling process. We also demonstrate that the binding affinity of a fragment-like molecule such as theophylline to the receptor is obtained by phase space decomposition with orientational restraints.

著者

渡邉 博文 田中 成典 沖本 憲明 長谷川 亜樹 泰地 真弘人 谷田 義明 三井 崇志 勝山 マリコ 藤谷 秀章

出版者

情報計算化学生物学会(CBI学会)

雑誌

Chem-Bio Informatics Journal (ISSN:13476297)

巻号頁・発行日

vol.10, pp.32-45, 2010 (Released:2010-04-20)

参考文献数

46

被引用文献数

5 9

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先端的な4つの計算法、FMO法、QM/MM法、MM-PB/SA法、MP-CAFEE法を用いてFKBPと10種類のリガンドの結合能を評価し、実験値との相関を比較した。結果として、4つの方法の内、どの方法を用いても実験値と比較的よい相関が得られることを確認した。またこの結果をもとに、どの効果を取り入れることが実験値との高い相関を得るのに重要であるかを議論した。さらに、これらの方法における溶媒効果の取り入れやエントロピーの寄与の重要性について詳しく議論した。計算時間についても検討を行い、最後にタンパク質リガンド結合能計算法の発展について今後の展望を述べた。