著者

鈴木 惣一朗 伊東 聰 酒井 憲一郎 稲田 由江 三吉 郁夫 石川 裕 宮野 悟

雑誌

研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC) (ISSN:21888841)

巻号頁・発行日

vol.2021-HPC-178, no.18, pp.1-9, 2021-03-08

---

我々はスーパーコンピュータ「富岳」開発プロジェクトのターゲットアプリケーションのひとつとして,ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon の「富岳」向け移植と最適化を行ってきた.本稿では,その最適化内容と「富岳」での性能評価について報告する.Genomon の実行性能はディスク I/O 性能に依存するため,特に「富岳」に実装された LLIO(Lightweight Layered IO-Accelerator)ファイルシステムをどのように活用したかを中心に報告する.また,Genomon のスループット性能向上のために試みた複数パイプライン同時実行についても報告する.