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8 0 0 0 ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon のスーパーコンピュータ「富岳」向け最適化と性能評価

著者
鈴木 惣一朗 伊東 聰 酒井 憲一郎 稲田 由江 三吉 郁夫 石川 裕 宮野 悟
雑誌
研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC) (ISSN:21888841)
巻号頁・発行日
vol.2021-HPC-178, no.18, pp.1-9, 2021-03-08
我々はスーパーコンピュータ「富岳」開発プロジェクトのターゲットアプリケーションのひとつとして,ヒト全ゲノム解析プログラム Genomon の「富岳」向け移植と最適化を行ってきた.本稿では,その最適化内容と「富岳」での性能評価について報告する.Genomon の実行性能はディスク I/O 性能に依存するため,特に「富岳」に実装された LLIO(Lightweight Layered IO-Accelerator)ファイルシステムをどのように活用したかを中心に報告する.また,Genomon のスループット性能向上のために試みた複数パイプライン同時実行についても報告する.

8 0 0 0 可変ベクトル長バイナリを用いたArm SVEプロセッサA64FXの評価

著者
住元 真司 稲田 由江 三輪 英樹 三吉 郁夫
雑誌
研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC) (ISSN:21888841)
巻号頁・発行日
vol.2019-HPC-172, no.6, pp.1-6, 2019-12-11
本稿では,Arm SVE プロセッサである A64FX 上で可変ベクトル長バイナリを用いた著名 HPC ベンチマークプログラムの評価について報告する.A64FX は Arm SVE アーキテクチャに対応しているため実行時に SIMD ベクトル長を変更できる上,独自にメモリバンド幅も変更可能である.これらの機能を用いて著名ベンチマークの実行特性を評価する.