著者

藤本 知之 杉浦 忠男 長屋 岳志 佐藤哲大 湊 小太郎

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.99, pp.63-70, 2006-09-15

参考文献数

6

---

これまでに我々はガラス基板上にDNAを伸張固定してGC特異的に蛍光染色し,エバネッセント顕微鏡を用いてDNAを一分子イメージングすることでDNAのGCコンテントの一次元分布を計測できた.しかしガラス基板上に固定されたDNAの単位長さ当たりの塩基数が異なるため,データベースの予測と必ずしも一致しない.そこで,塩基数の違いを較正する新たな解析モデルとその適用結果について報告する.We have analyzed single molecular DNA with single molecular imaging by evanescent field microscope and identified the DNA by comparing measured results of one dimensional distribution of local GC content to estimation from genome database. The number of base pair within the unit length of the DNA fixed on the glass substrates are different from estimation, however, measured results have not matched with genome database well. We report on the new analytic-model and the new application result considering calibration of the difference of the base pair number.

著者

杉浦 忠男 長屋 岳志 佐藤哲大 湊 小太郎

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.13, pp.25-32, 2006-02-09

参考文献数

4

被引用文献数

1

---

ゲノムDNA上ではGCコンテントの分布は一様ではない。このことを利用すれば一分子イメージングしたDNAを識別できると考えられる。そこで我々はガラス基板上にDNAを伸張固定してGC特異的に蛍光染色し、エバネッセント顕微鏡を用いてDNAを一分子イメージングすることでDNAのGCコンテントの一次元分布を計測でき、その結果がゲノムデータベースからの予測とよく一致することを確認した。GC content on genome DNA is not uniform. By use of this feature we can analyze and identify single molecular DNA with one-dimensional distribution of local GC content. We propose a method to analyze single molecular DNA with single molecular imaging by evanescent field microscope and to identify the DNA by comparing measured results of one dimensional distribution of local GC content to estimation from genome database. We have performed the method and have confirmed good correspondence with each other.