著者

Ryo Ishibashi

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:21888590)

巻号頁・発行日

vol.2023-BIO-73, no.34, pp.1-6, 2023-03-02

---

This paper proposes the application of multidimensional scaling (MDS) to Hi-C data on genomic interactions as a method of visualizing DNA loops. Currently, the mechanisms underlying the regulation of gene expression are poorly understood. Previous studies have focused on reproducing the entire three-dimensional structure of chromatin; however, identifying DNA loops using such data is time-consuming and difficult. Hi-C data were converted to distances by taking the inverse to reproduce loops via MDS, and missing values were set to zero. MDS was applied to the log-transformed genomic coordinate distances using the converted data, and this process successfully reproduced the DNA loops in the given structure. Consequently, the reconstructed DNA loops contained significantly more DNA bound by transcription factors involved in DNA loop formation than that obtained using previously applied methods. In conclusion, the proposed method represents an improvement over previous methods.

著者

Ryo Ishibashi Taiji Ueno Satoru Saito Tatsuya Mima Matthew A Lambon Ralph Gorana Pobric

出版者

日本認知心理学会

雑誌

日本認知心理学会発表論文集 日本認知心理学会第15回大会

巻号頁・発行日

pp.146, 2017 (Released:2017-10-16)

---

事物の意味を認知することは人間の持つ高次認知機能のうちでも特に中心的な機能の一つである。本研究では経頭蓋直流電流刺激(tDCS)を用いて、近年意味認知の中枢と考えられている大脳皮質左前側頭葉(ATL)の活動を促進したときに日本語単語意味認知能力の向上が見られるかどうかを検討した。結果としてtDCSによる類義語の判断成績向上が認められ、この効果は事前調査で難易度が高いとされた試行群において得に顕著であった。本知見はATL領域と意味認知との関係についてその因果的関係をさらに強力に立証すると同時に、意味認知障害の臨床においてtDCSが意味認知能力の維持・向上の補助手段として用いられる可能性について示唆するものである。