ゲノム情報学分野における相同性検索や立体構造予測などのアプリケーションは,巨大なゲノム配列データに対して解析を行うため,特に解析精度を求める場合には、高速な計算機が要求される.本稿では,このようなゲノム情報学アプリケーションに特化した専用プロセッサを設計し,ハードウェアによるその高速処理を図る.同専用プロセッサは,ゲノム情報学アプリケーションによく用いられる動的計画法をデータフロー並列処理により高速化する.ソフトウェアシミュレーションによる予備評価の結果,PentiumIII 1GHz と比べて,約13.5 倍の処理速度が得られることを確認した.Genome informatics applications such as homology search or protein structure prediction, which deal with a huge amount of DNA or amino acid sequences, requires extremely high performance computers especially for accurate analysis. This paper describes design of an application-specific for genome informatics to achieve high performance computing by hardware. The processor accelerates dynamic programming frequently employed by genome informatics applications by data-flow parallel processing. A preliminary experiment by soft-ware simulation shows that the processor can perform dynamic programming 13.5 times as fast as purely software processing by PentiumIII of 1GHz CPU clock.