著者
土居 秀幸 岡村 寛
出版者
日本生態学会暫定事務局
雑誌
日本生態学会誌 (ISSN:00215007)
巻号頁・発行日
vol.61, no.1, pp.3-20, 2011
参考文献数
49

群集生態学では、古くから類似度指数を用いた解析が頻繁に用いられてきた。しかし近年、汎用性の高い新たな類似度や検定手法が提案されているにもかかわらず、それらが十分に普及し利用されているとは言い難い。そこで、本総説では、現在までに発表されている代表的で有用な類似度、それを使ったグラフ表示、統計的検定について解説を行う。各類似度の成り立ち、指数ごとの特性、利用方法について初学者向けの説明を試みる。各種手法の理解の助けのため、統計ソフトRのveganパッケージを用いた分析を取り上げ、例題や付録のRコードを用いてveganによる解析手順を紹介する。利用実態としては、Jaccard指数など古くから提案されている指数が近年でも多く用いられているが、Chaoによって近年開発された指数は希少種を考慮した汎用性の高い類似度指数として優れており、Chao指数の利用が促進されることが望ましい。また、類似度を用いた検定についてもPERMANOVAなどの新しい統計手法の利用が図られるべきである。今後の群集解析において、これらの手法が取り入れられることにより、より適切な生態系の評価が行われ、新たな発見につながることが期待される。

言及状況

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【メモ】 生物群集解析のための類似度とその応用 : Rを使った類似度の算出、グラフ化、検定 https://t.co/xiVtiUnKHa 勉強せねばならぬなぁ。
群集解析に関してはこれが分かりやすかった. CiNii Articles -  生物群集解析のための類似度とその応用:Rを使った類似度の算出、グラフ化、検定 http://t.co/4W1Iha6A2m
組成や組成の距離を使ったPERMANOVAなどのデータ解析に関しては、土居・岡村(2011) http://t.co/muXB6VL0hb は必読。
だから、こういうビギナー向けの日本語の解説があるとと-ー-っても助かるんですねhttp://t.co/V6GmpKhV
だから、こういうビギナー向けの日本語の解説があるとと-ー-っても助かるんですねhttp://t.co/V6GmpKhV
http://t.co/y8j9R4wU 素晴らしい総説。今まで理解不足だった各類似度指数の違いや、初めてきちんと知ったChao指数、使ったこと無いnMDSについても載ってる。若い群集屋さんには必須の、教科書といってもよい内容。

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