著者

谷口 剛 伊藤公人 五十嵐 学 村上 悌治 高田 礼人 原口 誠

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.135, pp.185-192, 2006-12-22

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インフルエンザウイルスにおける抗原変異の規則性を発見するために,アミノ酸残基の共変異を解析する共変異とは,タンパク質を構成するアミノ酸残基のうち〆複数の位置のアミノ酸が共に置換する現象である.従来からアミノ酸残基の共変異を解析する手法がいくつか提案されていたが,それらの手法では進化の過程における分岐や時間的関係が考慮されていなかったそこで,これらの問題を解決するために,進化系統解析によって得られる系統樹を利用する手法を提案する.過去40年間のH3N2亜型インフルエンザウイルスのHAタンパク質を対象とし,共変異の検出を行い,その結果を示す,また,共変異は時代と共に変化するため,共変異の変化を検出するための手法を提案する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of amino acid substitutions in the past. In this paper, we present a new method to extract the sets of residue positions which were involved in correlated mutations. We also discuss a method to detect changes of correlation among co-evolving residues.

著者

谷口 剛 原口 誠 伊藤公人

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2007, no.128, pp.251-258, 2007-12-21

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インフルエンザウイルスの遺伝子は突然変異を起こしやすい.抗体による免疫圧力によって,抗原性が変化したウイルスのみが生き残り,次の流行を引き起こす.ウイルスの進化の詳細を理解するために,本論文では,インフルエンザウイルスの進化において,アミノ酸置換の起こる残基位置が時代と共に変化するか否かを明らかにすることを目的とする.コントラストセットマイニングの枠組みを用いて,隣接するグループ列間の特徴的違いを発見するアルゴリズムを提案し,進化系統解析と提案手法を組み合わせることによって,アミノ酸置換の起こる残基位置の時代的変化を解析する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of ammo acid substitutions in the past. In this paper, we present a method to extract segment of ordered groups in a phylogenic tree constructed from influenza virus gene sequences. We develop an algorithm for segmentation of ordered groups based on a contrast set, which identifies differences between two groups. We apply our algorithm to given ordered groups obtained from the phylogenic tree.

著者

谷口 剛 原口 誠 伊藤公人

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2007, no.128, pp.251-258, 2007-12-21

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インフルエンザウイルスの遺伝子は突然変異を起こしやすい.抗体による免疫圧力によって,抗原性が変化したウイルスのみが生き残り,次の流行を引き起こす.ウイルスの進化の詳細を理解するために,本論文では,インフルエンザウイルスの進化において,アミノ酸置換の起こる残基位置が時代と共に変化するか否かを明らかにすることを目的とする.コントラストセットマイニングの枠組みを用いて,隣接するグループ列間の特徴的違いを発見するアルゴリズムを提案し,進化系統解析と提案手法を組み合わせることによって,アミノ酸置換の起こる残基位置の時代的変化を解析する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of ammo acid substitutions in the past. In this paper, we present a method to extract segment of ordered groups in a phylogenic tree constructed from influenza virus gene sequences. We develop an algorithm for segmentation of ordered groups based on a contrast set, which identifies differences between two groups. We apply our algorithm to given ordered groups obtained from the phylogenic tree.