- 著者
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三村 真紀子
山口 勝司
重信 秀治
- 出版者
- 日本森林学会
- 雑誌
- 日本森林学会大会発表データベース
- 巻号頁・発行日
- vol.125, 2014
日本国内に広く生育するモミジイチゴ(<i>Rubus palmatus</i>)のゲノム配列決定を行った。この種のゲノムサイズは230-250Mbp程度と推定されている。屋久島から採集したヤクシマキイチゴ1系統Pal03を解析対象系統とした。これまでの研究から、屋久島に生育するモミジイチゴの亜種ヤクシマキイチゴは、ホモ接合度が比較的高いことが分かっている。180bpのペアエンドライブラリと、インサート領域が3kbpのメイトペアライブラリを作成し、イルミナ社HiSeq2000を用いて対象種のゲノムサイズの86x coverage(推定)にあたる2.9億リード(100bp/リード)を取得した。新規ゲノムアセンブルには、ALLPATHS-LGを用いた。結果、ゲノムサイズは253Mbpと推定され、N50 contigが23kbp, N50 scaffoldが212kbpであった。Contigの総長は、232Mbpであり(ゲノムサイズの92%)であり、またScaffoldの総長は253Mbp(ゲノムサイズの100%)であった。今後RNAseqによるアノテーションを行い、キイチゴゲノム情報の基盤とする。