著者

福澤 薫 渡邉 千鶴 加藤 幸一郎

出版者

日本結晶学会

雑誌

日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)

巻号頁・発行日

vol.65, no.1, pp.17-25, 2023-02-28 (Released:2023-03-08)

参考文献数

19

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The fragment molecular orbital(FMO)method is a theoretical method that enables quantum chemical calculations of whole bio-macromolecules, such as proteins and nucleic acids, yielding the energies and electron densities of whole molecules as well as interaction energies between fragments. The FMO calculations of protein complexes that have been structurally analyzed experimentally allow for quantitative analysis and physicochemical interpretation of intra- and intermolecular interactions within the complexes. Here we describe the quantitative analysis of structures and interactions using the FMO method, i.e., the “structure and interaction basis” obtained through the complementary use of experimental structure and the FMO calculations.

著者

佐藤 敦子 幸 瞳 渡邉 千鶴 齋藤 純一 小長谷 明彦 本間 光貴

出版者

情報計算化学生物学会

雑誌

Chem-Bio Informatics Journal (ISSN:13476297)

巻号頁・発行日

vol.17, pp.38-52, 2017-05-31 (Released:2017-05-31)

参考文献数

36

被引用文献数

3

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CYP群により薬物が代謝されることによる薬効の減弱、薬物間相互作用は創薬研究における重要な課題であり、中でもCYP3A4は医薬品代謝への寄与が最も大きい。代謝不安定性の改善に対しては、一般的に脂溶性の低減や代謝部位の変換などが行われるが、求める薬効との両立が難しく、また代謝部位や結合様式を実験的に決定するには大きな労力が必要となる。そのため創薬現場では、薬効を維持しながら代謝を回避し得る効率的な薬物設計と、予測による低コスト化が求められている。CYP3A4は様々な化学構造をもつ化合物を代謝することから、結合ポケットは非常に大きく、その形状も柔軟に変化し、化合物との結合様式予測は非常に難しい。我々はカルバマゼピン (CBZ) を題材とした先行研究において、ドッキング計算から得た複数の結合ポーズを初期構造とした分子動力学 (MD) 計算を組み合わせた代謝部位予測方法を検討した。本手法では、化合物とCYP3A4との結合自由エネルギー値と、化合物の各炭素原子のヘム鉄への近づきやすさから、代謝部位を予測している。さらに、この手法がより柔軟な構造を有する化合物にも適用可能か確かめることを目的とし、トルテロジンを題材とした代謝部位予測を試みた。この研究では、化合物ドッキングポーズからのMD初期構造選択の際にProtein Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) とRMSDの2種類のクラスタリング手法を用い、効率的な初期構造選択方法と予測結合様式からの代謝安定化デザインについて議論する。