著者

苙口 友隆 池口 満徳 佐藤 衛

出版者

日本結晶学会

雑誌

日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)

巻号頁・発行日

vol.55, no.1, pp.24-31, 2013-02-28 (Released:2013-03-07)

参考文献数

19

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The combination of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) experiments and molecular dynamics (MD) simulations is now becoming a powerful tool to study protein dynamics in solution at an atomic resolution. We have developed a method called MD-SAXS, in which this combination is used with explicit evaluation of X-ray scattering from water molecules hydrating protein molecules. This method offers a link between low-resolution structural information from SAXS and the three-dimensional high-resolution structure. The study using MD-SAXS method revealed the importance of intrinsic dynamics of DNA-binding protein EcoO109I in its function.

著者

中迫 雅由 苙口 友隆 高山 裕貴 中島 真 夕花 松井

出版者

分子シミュレーション研究会

雑誌

アンサンブル (ISSN:18846750)

巻号頁・発行日

vol.15, no.1, pp.7-18, 2013-01-31 (Released:2014-01-31)

参考文献数

51

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生命現象の素過程を担う蛋白質には,その周囲や内部での水分子の存在が立体構造の形成や生物学的機能発現に不可欠であるとされている.物理化学的視点から,ナノメートルスケールでの蛋白質-水界面構造,所謂,水和構造を探る研究が行われてきた.これまでに,低温X線結晶構造解析等をはじめとする実験的研究によって,蛋白質水和構造の静的特徴付けなど,実証科学として蛋白質水和の構造基盤に関する理解が進んだ.さらに近年は,蛋白質の内部運動と水和構造変化がどのように協奏・連動しているかという問題にアプローチする実験研究が始まっている.本稿では,蛋白質内部や表面上での水和水分子の位置を,実験事実として具体的に提供できるX線結晶構造解析や分子動力学-X線小角散乱併用法による蛋白質水和構造研究などを振り返りながら,今後の蛋白質水和の実験的研究に関する展望を纏めた.