- 著者
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遠藤 友基
外山 史
千葉 親文
森 博志
東海林 健二
- 出版者
- 一般社団法人情報処理学会
- 雑誌
- 研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)
- 巻号頁・発行日
- vol.2015, no.6, pp.1-6, 2015-03-13
本論文では,次世代シーケンサから得られた大量のデータに対して,大規模なゲノムのアセンブリが可能となるように,消費メモリ量の少ない de novo アセンブリアルゴリズムを提案する.実験では,E. coli K-12 strain MG1655 及びヒトの 14 番染色体から得られたリードに対してアセンブリを行った.その結果,本手法は E. coli に対しては従来手法の約 20%,ヒト 14 番染色体に対しては他手法の約 60% の消費メモリ量で de novo アセンブリが可能であることを確認した.In this paper, we propose an algorithm for de novo assembly with lower memory. In our experiments using the E. coli K-12 strain MG 1655, the average maximum memory consumption of the proposed method was approximately 20% of that of the popular assemblers. Moreover, in the experiments using human chromosome 14, the average amount of memory of our method was approximately 60% of that of the popular assemblers.