著者

Rajani Ghaju Shrestha Yasuhiro Tanaka Bikash Malla Sarmila Tandukar Dinesh Bhandari Daisuke Inoue Kazunari Sei Jeevan B. Sherchand Eiji Haramoto

出版者

Japanese Society of Microbial Ecology · The Japanese Society of Soil Microbiology

雑誌

Microbes and Environments (ISSN:13426311)

巻号頁・発行日

pp.ME18052, (Released:2018-09-06)

被引用文献数

12

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Arcobacter spp. are emerging pathogens associated with gastroenteritis in humans. The objective of this study was to develop a highly sensitive and broadly reactive quantitative PCR (qPCR) assay for Arcobacter spp. and to apply the developed assay to different water sources in the Kathmandu Valley, Nepal. Fifteen samples to be analyzed by next-generation sequencing were collected from 13 shallow dug wells, a deep tube well, and a river in the Kathmandu Valley in August 2015. Among the 86 potential pathogenic bacterial genera identified, Acinetobacter, Pseudomonas, Flavobacterium, and Arcobacter were detected with relatively high abundance in 15, 14, 12, and 8 samples, respectively. A primer pair was designed with maximal nucleotide homologies among Arcobacter spp. by comparing the sequences of 16S rRNA genes. These primers were highly specific to most of the known species of Arcobacter and quantified between 1.0×101 and 6.4×106 copies reaction–1 and sometimes detected as few as 3 copies reaction–1. The qPCR assay was used to quantify Arcobacter spp. in bacterial DNA in not only the above 15 water samples, but also in 33 other samples collected from 15 shallow dug wells, 6 shallow tube wells, 5 stone spouts, 4 deep tube wells, and 3 springs. Thirteen (27%) out of 48 samples tested were positive for Arcobacter spp., with concentrations of 5.3–9.1 log copies 100 mL–1. This qPCR assay represents a powerful new tool to assess the prevalence of Arcobacter spp. in environmental water samples.

著者

井上 大介 吉永 隼人 BIKASH MALLA RAJANI GHAJU SHRESTHA SARMILA TANDUKAR DINESH BHANDARI 田中 靖浩 JEEVAN B. SHERCHAND 原本 英司 清 和成

出版者

日本水処理生物学会

雑誌

日本水処理生物学会誌 (ISSN:09106758)

巻号頁・発行日

vol.54, no.2, pp.65-72, 2018 (Released:2018-06-15)

参考文献数

20

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ネパール・カトマンズ盆地では、水源の微生物汚染が深刻な問題となっている。本研究では、カトマンズ盆地において飲用水や生活用水として主に利用されている市販の飲用ボトル水(10試料)、浅井戸地下水(10試料)、深井戸地下水(3試料)、公共水場水(1試料)、湧水(2試料)と、河川水(2試料)の計28試料を採取し、病原性細菌の存在を網羅的に調査した。ヒト、動物、植物、及び魚介類に感染する941種/グループの病原性細菌(バイオセーフティレベル(BSL)2、3の全属及び日和見感染菌)の16S rRNA遺伝子を標的とするDNAマイクロアレイを用いた病原性細菌の網羅的検出の結果、Acinetobacter属、Arthrobacter属、Brevibacterium属、Pseudomonas属、及びLegionella属が大部分の試料で検出され、一部の試料ではBSL3の病原性細菌も検出された。Legionella属及びBSL3に属するBrucella属を対象として属特異的PCRによる定量検出を試みた結果、一部の試料においてDNAマイクロアレイ解析を支持する結果が得られた。また、DNAマイクロアレイ解析において6試料以上で検出された病原性細菌を対象として、糞便汚染指標(大腸菌群、大腸菌)との関連性について検討を行った結果、そのほとんどが糞便汚染指標とは相関を示さないことが明らかとなった。本研究の成果は、カトマンズ盆地における病原性細菌汚染の解明や、詳細な調査を要する病原性細菌種の特定の一助となり得るものと考えられる。