著者

曽田 貞滋

出版者

京都大学

雑誌

新学術領域研究(研究領域提案型)

巻号頁・発行日

2011-04-01

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マイマイカブリのゲノム塩基配列を決定するために,粟島産亜種アオマイマイカブリ1雄から抽出したゲノムDNAを用い,イルミナHiSeq2000を180 bpと500 bpのペアエンドライブラリーのシーケンスデータ(ゲノムサイズの188×),PacBio RSを用いたシーケンスデータ(ゲノムサイズの34×)を得た.HiSeq2000のデータについてはSOAPdenovo, SGA, ALLPATHS-LGを用いてアセンブリを試みた.得られたゲノム配列について予備的に既知の昆虫の遺伝子データベースおよびAUGUSTUSを用いたgene predictionを行った.HiSeq2000データ単独でのアセンブリには限界があるため,HiSeq2000データを参照してLSC,PacBioToCAでエラー補正したPacBioのシーケンスデータをHiSeq2000データと合わせてアセンブリすることを試みた.本研究に関連して,今年度は,佐渡島亜種と粟島亜種の戻し交雑に基づく,亜種間形態変異に関する量的遺伝解析の結果を論文として発表し,またマイマイカブリのゲノムサイズを論文として報告した.また,形態分化の適応基盤に関して,2つの採餌形態間のトレードオフに関する解析を行い,論文を投稿した.さらに,日本列島におけるマイマイカブリの形態の地理的分化について,Ornstein-Uhlenbeck modelを用いた系統比較法解析を行い,論文を投稿した.この研究では,隔離された島だけでなく,本州内の地域間でも,体形に適応的分化が起こっていることが示唆された.