著者

橋本 真一 土井 晃一郎 松島 綱治 鳥越 俊彦

出版者

金沢大学

雑誌

基盤研究(B)

巻号頁・発行日

2013-04-01

---

細胞集団の1細胞ずつの性格を明らかにし、真の細胞状態を把握することは生物学の研究にとって非常に重要である。本研究では微量/1細胞トランスクリプトーム解析法を開発し、がん細胞や免疫細胞の細胞集団の階層性を明らかにし、真の細胞状態を把握することで将来的に臨床研究に役立てることを目的とする。本研究では単一細胞遺伝子発現解析の発展系として数百以上の1細胞の遺伝子発現を同時に観察出来る革新的な技術(Nx1-seq)を開発した。この方法を用いて新たにがん細胞株、免疫細胞の1細胞遺伝子解析を行い有用性を確認した。

著者

菅野 純夫 中井 謙太 橋本 真一 山田 智之 土井 晃一郎

出版者

東京大学

雑誌

特定領域研究

巻号頁・発行日

2005

---

われわれが開発したオリゴキャッピング法による完全長cDNAライブラリーを基盤に、特定領域研究「生命システム情報」及び特定領域研究「比較ゲノム」と連携し、多種類の生物の完全長cDNAリソースの整備とトランスクリプトーム解析を行った。同時に、次世代シークエンサーとオリゴキャップ法を組み合わせて、ゲノムワイドに転写開始点を同定し、その発現量を半定量的に測定する方法を確立した。

著者

土井 晃一郎 山下 哲矢 田中 孝侑 山本 章博

出版者

一般社団法人 人工知能学会

雑誌

人工知能学会論文誌 (ISSN:13460714)

巻号頁・発行日

vol.23, no.3, pp.185-192, 2008 (Released:2008-03-11)

参考文献数

20

---

We present the intentional kernel as a new class of kernel functions for structured data. The class is highly contrasted to the convolution kernel, that is a typical class of kernel functions. That is, the convolution kernel is defined with sub-structures, while the intentional kernel is based on derivations constracting structures. We show instances of the intentional kernel for boolean functions, first-order terms, context sensitive languages, and RNA sequences. We also show some properties of the intentional kernel, and discuss the difference between the intentional kernel and the convolution kernel.