著者

小野 直亮 横山 直己 黄 銘 Md. Altuf-Ul Amin 中本 雅俊 太田 大策

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

Journal of Computer Aided Chemistry (ISSN:13458647)

巻号頁・発行日

vol.18, pp.110-116, 2017 (Released:2017-08-01)

参考文献数

16

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マイクロアレイや次世代シーケンサーを用いた網羅的発現変動解析において、多数の実験条件の組み合わせの中から有意に細胞の表現型に影響を与えているものを見つけ出す必要があり、そのためには分散分析(ANOVA)を始めとする多変量解析のための統計分析手法が必要となる。本研究ではRNA-seqを用いたユーグレナ(Euglena gracilis)の発現解析のデータをもとに、Bayes ANOVAを用いた発現変動解析により代謝経路のなかで有意に変動している遺伝子を抽出するアプローチを紹介する。培養条件の変化(好気環境から嫌気・微好気への変化)及び、増殖フェイズの変化(指数増殖期から定常期への変化)に応答して発現の変動した遺伝子を解析した。置換検定にもとづいてベイズ因子の分布を計算することにより、一般には検出の基準が不明瞭なベイズ因子によるモデル比較に対し、有意水準やFDRによる定量的な検出の基準を与えることを可能にしている。

著者

小川 拓水 岡澤 敦司 太田 大策

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

Journal of Computer Aided Chemistry (ISSN:13458647)

巻号頁・発行日

vol.18, pp.51-57, 2017 (Released:2017-08-01)

参考文献数

15

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リピドミクスは試料中に含まれる脂質の総体を研究対象とする学問分野である。主要な膜脂質であるグリセロリン脂質は、1 分子のグリセロール骨格に 1 分子の極性頭部と 2 分子の脂肪酸がエステル結合しており、極性頭部の種類によってクラス分類がなされている。その構造多様性をもたらす要因は、極性頭部の種類、2 分子の脂肪酸の種類 (炭素鎖長と不飽和結合数) であるが、それらの組み合わせを考慮した場合、試料中に含まれることが予想される脂質分子種の数は膨大なものとなる。しかし、公共のデータベースに収集されている脂質の実測データは,膨大な数の脂質分子種に対して未だ限定的であり、このことが個々の脂質分子種の同定作業を困難なものにしていた。一方、MS 測定においてそれぞれの脂質クラスに特徴的なイオン開裂反応が起こることが知られていた。そのためリピドミクスでは、計算機上 (インシリコ) で脂質分子種の MS/MS 測定を行って仮想的な MS/MS スペクトルを生成し、それらを参照ライブラリ (インシリコ MS/MS ライブラリ) として利用した脂質同定ツールが開発されてきた。本稿では、これらの脂質同定ツールのリピドミクスへの貢献について概説する。

著者

横山 直己 小野 直亮 有田 正規 太田 大策 金谷 重彦

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

ケモインフォマティクス討論会予稿集 第39回ケモインフォマティクス討論会 浜松

巻号頁・発行日

pp.P20, 2016 (Released:2016-09-22)

参考文献数

5

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ミドリムシ(Euglena gracilis) は、嫌気条件下においてバイオジーゼルの燃料の原料となるワックスエステルを生合成し、細胞内に蓄積することが知られている。しかしその調節メカニズムについてはいまだ不明な点が多い。本研究では、トランスクリプトームデータのもとづいてベイズアノバ法によりミドリムシにおける代謝動態におけるシステム解析を行った。