- 著者
- 奥村 久士
- 出版者
- 分子シミュレーション学会
- 雑誌
- アンサンブル (ISSN:18846750)
- 巻号頁・発行日
- vol.10, no.44, pp.29-33, 2008 (Released:2010-06-28)
- 参考文献数
- 5
1 0 0 0 OA 19aCT-3 分子動力学シミュレーションによる一本鎖RNA構造の温度依存性の研究
- 著者
- 森 義治 奥村 久士
- 出版者
- 一般社団法人 日本物理学会
- 雑誌
- 日本物理学会講演概要集 70.2 (ISSN:21890803)
- 巻号頁・発行日
- pp.3014, 2015-09-16 (Released:2017-07-10)
1 0 0 0 18pTK-2 体積粘性率の新しい公式
- 著者
- 奥村 久士 米沢 富美子
- 出版者
- 一般社団法人 日本物理学会
- 雑誌
- 日本物理学会講演概要集
- 巻号頁・発行日
- vol.56, 2001
1 0 0 0 OA 新しい分子動力学シミュレーション手法の開発とタンパク質折りたたみ問題への応用
- 著者
- 奥村 久士
- 出版者
- 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設)
- 雑誌
- 若手研究(B)
- 巻号頁・発行日
- 2011-04-28
タンパク質のシミュレーションが難しい理由は,自由エネルギー曲面に多くの極小状態があるからである.この問題を解決するために提案されてきた手法の1つがレプリカ交換法である.本研究では狙った構造に近づくように力をかける「へリックス・ストランドレプリカ交換法」を提案し,ペプチドに応用した.その結果,この方法では通常のレプリカ交換法よりも天然構造により近づけ,折りたたみにより成功した.さらに「レプリカ置換法」を提案した.この手法では2つのレプリカ間だけで温度を交換するのではなく,3つ以上のレプリカ間で温度を置換する.この方法を用いることでレプリカ交換法よりも効率的なサンプリングを実現できることを示した.