著者

松井 求

出版者

特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会

雑誌

JSBi Bioinformatics Review (ISSN:24357022)

巻号頁・発行日

vol.2, no.1, pp.30-57, 2021 (Released:2021-10-05)

参考文献数

194

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分子系統学は生物学の基盤であり、我々は情報から生物学的知見を取り出す過程で、その恩恵を陰に陽に受けてきた。同時に、分子系統学は革新的な手法やソフトウェアの開発が新たな分野の開拓に直結する、アルゴリズム・ソフトウェア開発者の桧舞台でもある。例えば、1987年に登場した近隣結合法は大規模なTree of Lifeの構築を可能にした。また、MAFFTやIQ-TREEといった高速かつ高精度なソフトウェアは、BLASTが情報生物学の基盤技術であるのと同様に、進化学を下支えする必要不可欠なインフラとなっている。本総説では、まず分子系統学を構成する「標準手法」の理論と実装を解説する。さらに近年勃発した「標準手法」をめぐる論争をまとめ、最後に、現時点でできる最善の分子系統解析アプローチについて議論しながら、将来の生物情報学者、進化学者、アルゴリズム・ソフトウェア開発者をこの魅力的な分野へといざないたい。

著者

松井 求

出版者

日本微生物生態学会

雑誌

日本微生物生態学会誌 (ISSN:24241989)

巻号頁・発行日

vol.37, no.1, pp.37-39, 2022-03-01 (Released:2022-03-12)

著者

大田 達郎 川島 武士 土橋 映仁 平岡 聡史 星野 辰彦 菅野 圭一 片岡 剛文 川島 秀一 松井 求 根本 航 西嶋 傑 菅沼 名津季 鈴木 治夫 田口 善弘 竹中 要一 谷川 洋介 恒吉 桃香 吉武 和敏 荒川 和晴 山下 理宇 岩崎 渉

出版者

NGS Field Meeting

雑誌

NGS現場の会 第五回研究会

巻号頁・発行日

2017-05-02

著者

松井 求 岩崎 渉

出版者

東京大学

雑誌

新学術領域研究(研究領域提案型)

巻号頁・発行日

2019-06-28

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本研究計画ではまず、生態学と情報学の新たな複合領域である「機能インフォマティクス」を創成する。本領域が収集する情報は(i) 環境コンテキストと微生物メタゲノム、(ii) 微生物機能情報に紐づけられた個々の種のゲノム情報、(iii) メタボロームと代謝パスウェイ遺伝子の共起関係、のように従来の解析に用いられる情報よりも圧倒的に多様かつ多量である。そこで、高次元・大規模な環境コンテキスト情報から「微生物が発現する機能と環境の相関」を明らかにするための新規情報処理技術を開発する。次に、集積された情報に本技術を適用し、領域が設定するモデル圃場の「ポストコッホ機能生態系モデル」を創成する。