著者
松井 求
出版者
特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会
雑誌
JSBi Bioinformatics Review (ISSN:24357022)
巻号頁・発行日
vol.2, no.1, pp.30-57, 2021 (Released:2021-10-05)
参考文献数
194

分子系統学は生物学の基盤であり、我々は情報から生物学的知見を取り出す過程で、その恩恵を陰に陽に受けてきた。同時に、分子系統学は革新的な手法やソフトウェアの開発が新たな分野の開拓に直結する、アルゴリズム・ソフトウェア開発者の桧舞台でもある。例えば、1987年に登場した近隣結合法は大規模なTree of Lifeの構築を可能にした。また、MAFFTやIQ-TREEといった高速かつ高精度なソフトウェアは、BLASTが情報生物学の基盤技術であるのと同様に、進化学を下支えする必要不可欠なインフラとなっている。本総説では、まず分子系統学を構成する「標準手法」の理論と実装を解説する。さらに近年勃発した「標準手法」をめぐる論争をまとめ、最後に、現時点でできる最善の分子系統解析アプローチについて議論しながら、将来の生物情報学者、進化学者、アルゴリズム・ソフトウェア開発者をこの魅力的な分野へといざないたい。

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「Malikらは立体構造の揺らぎを利用することでBootstrap値と同様の信頼値付き系統樹を構築する手法を提案しているが[183]、de novoでの立体構造比較が容易になったことをきっかけに、立体構造に基づく系統樹推定が当たり前に行われるようになるかもしれない」/ https://t.co/QWHMleVP94
[メモ]距離が遠いときはGSで、距離が近ければPANJEPでという話を聞けた。たしかに距離法で系統解析することを考えるならMSAよりペアワイズアライメントで良い/J-STAGE Articles - 分子系統解析の最前線 https://t.co/HvgfMIbQfE
J-STAGE Articles - 分子系統解析の最前線 https://t.co/xIj9f6J2XA
「分子系統解析の最前線」 こういう日本語総説が昔から探していた。原理からメジャーなソフトウェアまで網羅。 https://t.co/02oarLaTgt
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形態測定学のデータを系統樹推定に使えないかという研究が増えているが、微妙だよという研究(多分)https://t.co/93UIgMBdA0 https://t.co/aSibwyXrTE
@hynobius_rm @events_rabbit @panorpa0621 なんかよさげなのみつけたのでメンション (引用ツイにしたくなかったから再ツイ) https://t.co/PPhTUwkcRi
» 分子系統解析の最前線 https://t.co/NdxhFB1KIo
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総説2篇目は、東大・松井さんによる「分子系統解析の最前線」です。分子系統樹推定に関わる様々なトピックを包括的にまとめられており、推薦図書や参考文献も多くまとめらているので、これから系統解析を勉強する人に絶対オススメです。https://t.co/eqSf0htR3n

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