著者

吉川 達也 塚本 弘毅 蓬来 祐一郎 福井 一彦

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2008, no.17, pp.185-188, 2008-03-04

参考文献数

14

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タンパク質とは,生命活動を支える重要な物質の一つである.これらタンパク質固有の機能は,他のタンパク質との相互作用(PPI:Protein-Protein Interaction)によって発現することが解っている.このPPIに関する研究は,生命現象の解明はもとより,最近では医薬品開発の分野でも柱目されている.我々が提案したタンパク質間の親和性予測法は,データセットの構成や規模,親和性スコアの計算に重要なクラスタリング処理によって,結果精度が異なることが予備実験などから解っている.特に,データセットが大規模となる場合に,クラスタリングパラメータ値の予測精度に与える影響が無視できなくなる傾向がある.本研究では,全7056個中に84個の生物学的有意性を持ったタンパク質ペア(BSPPs: Biological Significant Protcin Pails)を含むデータセットを用いて,prevalence=1.19%の高難易度なBSPPs予測問題を設定した.また,親和性スコアの定義から予測精度に影響を及ぼすと考えられる4つのパラメータを抽出し,計144個のパラメータセットを作成した.評価実験から,F-measure最大となるパラメータセットにおいて,F-measure最大となるパラメータセットにおいて,sensitivity(=recall)=27.4%, specificity=91.0%, precision=3.53%, accuracy=90.2%, F-measure=6.25%の結果を得た.これはBSPPsを無作為抽出した場合(F-measure=2.32%)と比較して,約2,69倍の予測精度を獲得しており,タンパク質間親和性予測法の精度向上におけるパラメータ最適化の有効性を示している.

著者

蓬来祐一郎 西田 晃 小柳 義夫

雑誌

情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) (ISSN:18827829)

巻号頁・発行日

vol.45, no.SIG03(ACS5), pp.100-108, 2004-03-15

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集合通信のスケジューリングは,通信時間を大きく左右する.従来の研究ではネットワークを抽象化し,ハブや不均一なネットワークなどのより現実的なモデルを避けていた.しかし,グリッドコンピューティングへの関心や分散データベースなどの需要の増加とともにこの問題の重要性が増してきている.そこで本研究において,スケジューリングの影響が大きいと考えられる木構造におけるブロードキャストの最適スケジューリングを考える.まず,不均一なネットワークを考慮した場合,NP困難な問題になることを示し,最適解の探索に深さ優先探索による分枝限定法を用いた方法を提案する.その際,木構造の対称性からくる冗長性を高速な木の同型判定アルゴリズムにより省く手法を紹介し,その有効性を示す.また実機によるテストを行い,汎用的なMPI実装のブロードキャスト関数MPI Bcastと比較し,ブロードキャストの実行時間が大幅に削減される場合があることを示す.

著者

勝木健雄 蓬来祐一郎著

出版者

共立出版

巻号頁・発行日

2011