著者

岡田 吉史 藤渕航 ホートン・ポール

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.99, pp.17-23, 2006-09-15

被引用文献数

1

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遺伝子発現データから,ある特定の条件下において類似の発現動態を示す"遺伝子発現モジュール"を抽出する方法として,Biclusteringが注目されつつある.本研究では,極大2部クリークの全列挙法に基づくBiclustering法(BiModule)を開発した.我々は,これを人工データおよびS.Cerevisiaeの遺伝子発現データに適用し,既存の代表的なBiclustering法によるモジュール抽出結果との比較実験を行った.本報告では,BiModuleが他手法に比較して,人工的に埋め込まれたBiclusterをより高い精度で検出し,さらには,Gene Ontologyにおける機能アノテーションや既知のタンパク質相互作用を良く反映したモジュールを抽出可能であることを示す.In recent years, biclustering methods have been suggested to discover gene expression modules with shared expression behavior under certain experimental conditions. In this report, we propose a new biclustering method, BiModule, based on a maximal biclique enumeration algorithm. Comparative experiments to existing salient biclustering methods are performed to test the validity of biclusters extracted by BiModule using synthetic data and real expression data. We show that BiModule provides high performance compared to the other methods in extracting artificially-embedded modules as well as modules strongly related to GO annotations and protein-protein interactions.

著者

小林 健太 加藤 有己 谷口 丈晃 丸山 徹 伊藤 通浩 五斗 進 竹山 春子 藤渕 航

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:21888590)

巻号頁・発行日

vol.2015-BIO-42, no.58, pp.1-2, 2015-06-16

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多数の難培養微生物で構成される海洋環境の理解を促進するために,メタゲノム解析に注目が集まっている.しかしながら,メタゲノムのリード群を完全にアセンブルすることは困難を極めることが知られている.近年,次世代シークエンシング技術の発展とともに,1 細胞ゲノムデータが利用できるようになってきた.本稿では,近年の利用可能な技術の動向を踏まえ,メタゲノムおよび 1 細胞配列データが与えれたとき,アセンブリ,遺伝子の構造および機能推定を行うパイプラインを発表する.具体的に,リードの前処理,アセンブリとアノテーションに特化したパイプラインを提供し,遺伝子アノテーションのマップの可視化を可能とするものである.

著者

桜井 都衣 山根 順子 小林 健太 山根木 康嗣 谷口 丈晃 加藤 有己 藤渕 航

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2014, no.5, pp.1-2, 2014-09-12

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2006 年に iPS 細胞が発見されて以降,実際に幹細胞由来の人工組織が医療の現場で活用されるという時代の到来が現実味を帯びて来た.それと同時にこれまで以上に細胞というものを熟知し,個々の細胞の性質の判断基準を明らかにする必要性も著しく高まっている.当研究室では,以前公開された SHOGoiN というヒト細胞解析データのためのデータベースの延長として,細胞というシステムを科学的な解析結果と知識に基づき明確に定義するためのデータベース (Stem Cell Informatics Database) の構築を行っている.現在の Stem Cell Informatics Database は,近年盛んに行われ始めているシングルセル技術を用いたトランスクリプトーム解析やメチローム解析データ及び実験条件などのメタデータ,ヒト組織画像とそこから抽出された細胞形態解析データ,そして解剖学的な位置情報に対応させたヒト細胞の分類表などを格納している.また今後は,細胞という複雑な概念のモデル化,語彙・知識の統合管理を可能にするためのオントロジーの構築や細胞情報解析のためのツールなども行い,搭載する予定である.Researchers have actively investigated potential applications of the induced pluripotent stem cell (iPS cell) for disease modeling, drug screening, and regenerative medicine since its discovery in 2006, and now it is about to start one of the projects for clinical trials. In parallel with the medical practice, there has been arising a need of more precise knowledge of the cell of its disposition, while facing a lack of the information system that enables us to store such complex biomedical knowledge regarding cells in well-organized way. Here we introduce our cell knowledge repository called "Stem Cell Informatics Database" that is an extended work of the previous SHOGoiN database. It has been designed to integrate information comprehensively for defining cells with diverse knowledge and scientific data from biomedical research. In the Stem Cell Informatics Database, there are several indispensable contents, such as gene expression profiles and images of cells, curated assay metadata, and the cell taxonomy associated with anatomical location information. Stem Cell Informatics Database is now under development, and we are currently working on i) creating our own ontology to formally describe/model knowledge about the cells, and ii) developing analysis tools for gene expression data produced in single cell experiments. Depositing all of those in one database, this will provide a framework of integrative system for cell knowledge dictionary.

著者

藤渕 航

出版者

独立行政法人産業技術総合研究所

雑誌

特定領域研究

巻号頁・発行日

2007

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パイロシーケンシングによる細胞内mRNA 絶対定量を可能にするためのプライマー配列(パイロプライマー)を開発するため、(1)「遺伝子」発現定量のための低冗長性を許したpolyA 近郊パイロプライマー、および(2)「スプライシングバリアント」を完全定量するエクソン境界近傍パイロプライマーを現実時間内で設計することを目的としそのための方法論とシステムを開発した。