5 0 0 0 OA ラジカルによるDNA塩基対の異性化反応の解析
- 著者
- 奥津 尚子 玉井 秀明 清水 栄佑 栗田 典之
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.P19, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 4
近年、放射線の人体への影響が深刻な問題となっている。放射線によって体内に生成されるラジカルはDNAと反応し、DNAの構 造へ大きな損傷を与える。したがって、DNAへのラジカルの反応機構を解析することは、放射線によって引き起こされるDNAの損 傷を明らかにするために重要である。本研究では、我々は密度汎関数計算により真空中、および水中でのG-C/A-T塩基対とラジカルの複合体の安定構造と反応機構の遷移状態を探索する。
1 0 0 0 OA 基準振動解析を用いた分子アニメーションのための動的分子モデルの開発
- 著者
- 村岡 伸哉 上野 豊 佐藤 哲大 小野 直亮 杉浦 忠男 金谷 重彦
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.O04, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 4
生体内高分子の反応を可視化する分子アニメーション作成には、静的な分子モデルが採用され、分子の動的な特性を考慮しにくいのが現状である。本研究では、高分子の基準振動解析の結果を用い、熱揺らぎを考慮した動的なモデルを構築する手法を考案したので、その結果について議論したい。
1 0 0 0 OA 合成カンナビノイドのMSスペクトル予測
- 著者
- 池田 慎哉 山口 翔大 竹本 光義
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.P15, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 1
近年、危険薬物又はその類似物質が添加された危険ドラッグの使用による事件・事故が多発している。その対策として合成カンナビノイド類約800種類、カチノン類約500種類が包括指定という広範囲な規制をされた。これらの包括指定薬物の標準物質の多くは合成されていないため、標準物質との比較による同定が難しい。そこで密度汎関数法を用いてカンナビノイド類のMSスペクトルを予測する方法を考えた。この方法により予測したMSスペクトルをESI装置を備えたLC-MS/MSで測定した標準物質のMSスペクトルと比較した。
1 0 0 0 OA DMFT-like method によるグラフェンの電子状態計算
- 著者
- 濱田 信次 森本 沙也香 関野 秀男
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.P13, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 7
近年、密度行列埋め込み理論とよばれる動的平均場理論のある種の簡易版が提唱されており、これを6角格子のHubbard Modelに適用してグラフェンの電子状態の理解を試みた。
1 0 0 0 OA 有機電子論の基礎となる cross-conjugation
- 著者
- 細矢 治夫
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.O06, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 7
現在世界的に流布している有機化学の成書や教科書の中で、不飽和共役炭化水素に関 する交差共役(cross conjugation)の概念の重要性について説いてあるものはほとんどない。演者は、グラフ理論的分子軌道法による解析を行った結果、この概念が有機電 子論の基礎的な裏付けに重要な役割を果たしていることを明らかにし、その適用限界の指摘も行うことができた。この理論は、芳香族性、反芳香族性の議論にまで展開することができる。なお、この議論はHMO法レベルのものであるが、より精度の高い理 論にも十分耐え得るものである
1 0 0 0 OA データマイニング技術を用いた分子構造の自動分類の試み
- 著者
- 林 亮子 水関 博志
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.P21, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 6
我々は決定木を用いて,簡単な例題について分子構造の自動分類を試みた.使用したデータはGaussian09を用いた構造最適化結果から原子間距離行列の一部を抜き出したものである.その結果,おおむね妥当と考えられる分類規則を自動的に得ることができた.
1 0 0 0 OA QMRDBを応用した遷移状態データベース(TSDB)の構築
- 著者
- 堀 憲次
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.O02, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 7
QMRDBは、WebベースでPostgreSQLを用いた量子化学計算に関するデータベースとして開発を行っている。分子名、キーワード検索に 加え、Open Babelを用いた構造検索も可能となっている。検索結果は、Webブラウザに埋め込まれたJSmolにより、キーワード等と共に表示される。本研究で は、保存するデータの形式を工夫することで遷移状態データベース(TSDB)の開発に応用したので、その詳細について述べる。
1 0 0 0 OA ナフタレン環を持つ木状化学構造の幅優先探索による列挙手法
- 著者
- Jindalertudomdee Jira 林田 守広 趙 楊 阿久津 達也
- 出版者
- 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集 第37回情報化学討論会 豊橋
- 巻号頁・発行日
- pp.O12, 2014 (Released:2014-11-20)
- 参考文献数
- 3
本研究ではこれまで開発してきた幅優先探索順の列挙手法を拡張し,各原子の数とナフタレン環の数を入力として,ナフタレン環を一つのノードに縮約したときに木構造となる化学構造を重複なくすべて列挙する手法を提案する.よく知られた列挙ツールであるMOLGENといくつかの入力に対して実行時間を比較し,閉路としてナフタレン環のみを含む場合に提案手法の実行効率が優れていることを示す.