著者

川手 憲俊 玉田 尋通 稲葉 俊夫 喜田 加世子 玉田 尋通 稲葉 俊夫 喜田 加世子 パシラーナ インドニル ニシャンタ 田中 翔 芦 ゆきの

出版者

大阪府立大学

雑誌

基盤研究(C)

巻号頁・発行日

2007

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本研究では、犬の潜在精巣の原因遺伝子・マーカー遺伝子を同定する目的で、潜在精巣に罹患した小型犬のエストロジェン受容体α遺伝子(ESR1)の一部(ESR1の3'側末端から70kbの領域の9ヵ所の多型を示す塩基)について解析し、正常例との比較を行った。その結果、ミニチュアダックスフンドとチワワの潜在精巣例の当該遺伝子領域の多型塩基は正常例と比較して顕著な差異はみられなかった。ただし、両側性潜在精巣例の同遺伝子領域の多型頻度は正常と異なっていたが、例数が少ないため、両側性例とESR1当該多型との関連性についてはさらなる検討が必要と考えられる。

著者

田中 翔 加藤 有己 関 浩之

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2009, no.25, pp.37-40, 2009-02-26

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シュードノットを含むRNAの2次構造予測に対するアプローチとして,文脈自由文法(CFG)より表現能力の高い形式文法(MCFQTAG等)の構文解析アルゴリズムに基づく手法が提案されている。また,汎用性と精度の向上を目指し,複数の1次構造同士の比較解析に基づく2次構造予測法もいくつか提案されている。本稿では,比較解析ができるようにMCFを拡張したペア確率多重文脈自由文法(Pair-SMCFG)を新たに定義し,これに基づくRNAの2次構造予測法を提案する。長さ70程度のRNA配列に対して2次構造予測を行ったところ,RNAの特定のファミリーに対する文法の特化を全く行わないという条件下であっても,適合率63.2%,再現率62.0%という結果を得た。Several methods for the prediction of RNA secondary structure including pseudoknots have been proposed based on parsing algorithms for formal grammars such as MCFG and TAG, of which generative power is greater than CFG. Also, comparative sequence analysis, which compares several RNAs and predicts their secondary structures, is a promissing approach. In this paper, we define pair-stochastic multiple context-free grammar (Pair-SMCFG) and propose a prediction method based on Pair-SMCFG. Pair-SMCFG is an extension of MCFG for comparative sequence analysis. Experimential results show that for RNA which have about 70 bases, the precision and recall of our algorithm are 63.2% and 62.0% respectively.