著者
Imanishi Tadashi Itoh Takeshi Suzuki Yutaka O'Donovan Claire Fukuchi Satoshi Koyanagi Kanako O. Barrero Roberto A. Tamura Takuro Yamaguchi-Kabata Yumi Tanino Motohiko Yura Kei Miyazaki Satoru Ikeo Kazuho Homma Keiichi Kasprzyk Arek Nishikawa Tetsuo Hirakawa Mika Thierry-Mieg Jean Thierry-Mieg Danielle Ashurst Jennifer Jia Libin Nakao Mitsuteru Thomas Michael A. Mulder Nicola Karavidopoulou Youla Jin Lihua Kim Sangsoo Yasuda Tomohiro Lenhard Boris Eveno Eric Suzuki Yoshiyuki Yamasaki Chisato Takeda Jun-ichi Gough Craig Hilton Phillip Fujii Yasuyuki Sakai Hiroaki Tanaka Susumu Amid Clara Bellgard Matthew Bonaldo Maria de Fatima Bono Hidemasa Bromberg Susan K. Brookes Anthony J. Bruford Elspeth Carninci Piero Chelala Claude Couillault Christine Souza Sandro J. de Debily Marie-Anne Devignes Marie-Dominique Dubchak Inna Endo Toshinori Estreicher Anne Eyras Eduardo Fukami-Kobayashi Kaoru R. Gopinath Gopal Graudens Esther Hahn Yoonsoo Han Michael Han Ze-Guang Hanada Kousuke Hanaoka Hideki Harada Erimi Hashimoto Katsuyuki Hinz Ursula Hirai Momoki Hishiki Teruyoshi Hopkinson Ian Imbeaud Sandrine Inoko Hidetoshi Kanapin Alexander Kaneko Yayoi Kasukawa Takeya Kelso Janet Kersey Paul Kikuno Reiko Kimura Kouichi Korn Bernhard Kuryshev Vladimir Makalowska Izabela Makino Takashi Mano Shuhei Mariage-Samson Regine Mashima Jun Matsuda Hideo Mewes Hans-Werner Minoshima Shinsei Nagai Keiichi Nagasaki Hideki Nagata Naoki Nigam Rajni Ogasawara Osamu Ohara Osamu Ohtsubo Masafumi Okada Norihiro Okido Toshihisa Oota Satoshi Ota Motonori Ota Toshio Otsuki Tetsuji Piatier-Tonneau Dominique Poustka Annemarie Ren Shuang-Xi Saitou Naruya Sakai Katsunaga Sakamoto Shigetaka Sakate Ryuichi Schupp Ingo Servant Florence Sherry Stephen Shiba Rie Shimizu Nobuyoshi Shimoyama Mary Simpson Andrew J. Soares Bento Steward Charles Suwa Makiko Suzuki Mami Takahashi Aiko Tamiya Gen Tanaka Hiroshi Taylor Todd Terwilliger Joseph D. Unneberg Per Veeramachaneni Vamsi Watanabe Shinya Wilming Laurens Yasuda Norikazu Yoo Hyang-Sook Stodolsky Marvin Makalowski Wojciech Go Mitiko Nakai Kenta Takagi Toshihisa Kanehisa Minoru Sakaki Yoshiyuki Quackenbush John Okazaki Yasushi Hayashizaki Yoshihide Hide Winston Chakraborty Ranajit Nishikawa Ken Sugawara Hideaki Tateno Yoshio Chen Zhu Oishi Michio Tonellato Peter Apweiler Rolf Okubo Kousaku Wagner Lukas Wiemann Stefan Strausberg Robert L. Isogai Takao Auffray Charles Nomura Nobuo Gojobori Takashi Sugano Sumio
出版者
Public Library of Science
雑誌
PLoS Biology (ISSN:15449173)
巻号頁・発行日
vol.2, no.6, pp.856-875, 2004-06
被引用文献数
3 190

The human genome sequence defines our inherent biological potential; the realization of the biology encoded therein requires knowledge of the function of each gene. Currently, our knowledge in this area is still limited. Several lines of investigation have been used to elucidate the structure and function of the genes in the human genome. Even so, geneprediction remains a difficult task, as the varieties of transcripts of a gene may vary to a great extent. We thus performed an exhaustive integrative characterization of 41,118 full-length cDNAs that capture the gene transcripts as complete functional cassettes, providing an unequivocal report of structural and functional diversity at the gene level.Our international collaboration has validated 21,037 human gene candidates by analysis of high-quality full-length cDNA clones through curation using unified criteria. This led to the identification of 5,155 new gene candidates. It also manifested the most reliable way to control the quality of the cDNA clones. We have developed a human gene database, called the H-Invitational Database (H-InvDB; http://www.h-invitational.jp/). It provides the following:integrative annotation of human genes, description of gene structures, details of novel alternative splicing isoforms, non-protein-coding RNAs, functional domains, subcellular localizations, metabolic pathways, predictions of protein three-dimensional structure, mapping of known single nucleotide polymorphisms (SNPs), identification of polymorphic microsatellite repeats within human genes, and comparative results with mouse full-length cDNAs. The H-InvDB analysis has shown that up to 4% of the human genome sequence (National Center for Biotechnology Information build 34 assembly) may contain misassembled or missing regions. We found that 6.5% of the human gene candidates(1,377 loci) did not have a good protein-coding open reading frame, of which 296 loci are strong candidates for nonprotein-coding RNA genes. In addition, among 72,027 uniquely mapped SNPs and insertions/deletions localized within human genes, 13,215 nonsynonymous SNPs, 315 nonsense SNPs, and 452 indels occurred in coding regions. Together with 25 polymorphic microsatellite repeats present in coding regions, they may alter protein structure, causingphenotypic effects or resulting in disease. The H-InvDB platform represents a substantial contribution to resources needed for the exploration of human biology and pathology.
著者
ARNER Erik CARNINCI Piero FORREST Alistair SAXENA Alka FAGIOLINI Michela
出版者
独立行政法人理化学研究所
雑誌
若手研究(A)
巻号頁・発行日
2011

レット症候群のマウスモデルについてChIP 配列決定を行い、野生型(WT)とMecp2 欠損(KO)マウスの視覚野におけるMecp2 とFoxg1 の標的を特定。キャップによる遺伝子発現解析(CAGE)でKO の標的の発現レベルを評価した。WT とKO で発現の異なる遺伝子は主に発生後期に見られ、その多くは呼吸鎖等のミトコンドリア・プロセスに関連しており、レット症候群におけるミトコンドリアの関与を示唆している。
著者
CARNINCI Piero サクセナ アルカ SAXENA Alka
出版者
独立行政法人理化学研究所
雑誌
特別研究員奨励費
巻号頁・発行日
2009

本研究の主要な目的は、レット症候群にみられる重篤な症状の原因となっている異常を、ゲノムワイドに明らかにすることにある。具体的には、レット症候群関連遺伝子と考えられているmecp2遺伝子欠損マウスにおいて、可塑性に異常が認められた大脳視覚野のトランスクリプトームを正常マウスのそれと比較することと、MeCP2やFoxg1の標的と考えられるゲノム領域を特定することである。前者については、mecp2遺伝子欠損マウスを繁殖させることの難しさから、共同研究者からのサンプルの到着が遅れたものの、現在はすべてのサンプルがそろい、そこからヘリコスCAGEライブラリーを作製しているところである。これをシークエンスすることで、mecp2遺伝子欠損マウスがレット症候群を発症する前後のトランスクリプトームを比較する。後者に関しては、前年度に引き続き、ChiP-seq法を用いて、大脳視覚野におけるMeCP2やFoxg1の標的領域を調べた。ひとつのサンプル量が少量のため、ChiP-seqのプロトコールをそれに最適化する必要があり、時間がかかったが、最終的に900ヶ所以上のFoxg1ターゲットを特定できた。現在、これらのターゲット候補を定量PCRにて確認中である。その最終的な確認を待たなければならないが、Foxg1はゲノム中の繰り返し配列に結合する傾向を見出した。この少量のサンプルにChiP-seqを最適化したプロトコールは、現在投稿準備中である。さらに、共同研究としてFoxg1の発現量の確認を行い、その結果は現在投稿準備中である。これらに加えて、今期は共同研究としてsRNAライブラリーを作製し、sRNA依存的なDNAダメージ応答を明らかにした。