- 著者
- 伊藤 研悟 伊達 康博 川村 隆浩 大城 正孝 江口 尚 小野 裕嗣
- 出版者
- 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
- 雑誌
- 農研機構研究報告 (ISSN:24349895)
- 巻号頁・発行日
- vol.2023, no.13, pp.3-22, 2023-03-31 (Released:2023-03-31)
- 参考文献数
- 30
昨今のSociety 5.0 及びポストコロナ時代において,研究現場ではリモート環境からデータ駆動型研究を加速させる高度な機器分析と情報連携基盤の開発が求められている.そこで農研機構では,リモート核磁気共鳴分光分析,データ駆動型解析及び機器分析データの一元管理をワンストップで提供する解析パイプラインを開発した.本パイプラインに合わせて長時間連続稼働が可能な自動前処理装置を利用することで,均質かつ均一な機器分析用試料の調製を可能にし,省人化・省力化を実現した.また,試料を約500 点セットが可能なオートサンプルチェンジャーを装着した溶液核磁気共鳴分光分析装置とリモート分析制御装置も導入し,簡便かつ安定なリモート分析の自動実行を可能にした.さらに,人工知能研究用スーパーコンピュータ「紫峰」と農畜産物のゲノムや成分などが格納された大容量の農研機構統合データベースを連携させることで,機器分析データの迅速なデータ駆動型解析とメタデータを含む機器分析データの一元管理を可能にした.この新たな基盤システムを利用することで,リモート環境にいる異分野の研究者同士がデータを介して繋がり,データ駆動型農業研究の促進や発展が期待される.
- 著者
- 小林 暁雄 坂井 寛章 桂樹 哲雄 伊藤 研悟 稲冨 素子 江口 尚 川村 隆浩
- 出版者
- 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
- 雑誌
- 農研機構研究報告 (ISSN:24349895)
- 巻号頁・発行日
- vol.2023, no.13, pp.23-33, 2023-03-31 (Released:2023-03-31)
- 参考文献数
- 15
農研機構内のプロジェクトや研究部門・センター毎に進められているバイオ研究課題では,データ管理や解析ツール開発が一元化しておらず,データの分散や個別化が問題となっている.これを解決するため,研究課題のニーズに基づきリソースを集約・重点化することにより資源の活用を効率化し,研究成果の最大化に繋げるためのプロジェクトが機構内組織横断的に進められている.本プロジェクトでは,機構の持つ高度計算資源を連携してオミクス情報を収集・解析し,研究データの来歴保証と研究の効率化を実現する解析パイプラインシステムの構築が取り組まれている.この計算資源には,機構内のゲノム解析サーバ及びスーパーコンピュータ「紫峰」を用いるとともに,ゲノムデータと解析されたデータを保存・機構内横断で提供する基盤として,農研機構統合DB を用いる.さらに,DDBJ Sequence Read Archive に準ずるメタデータを採用し,機構内で横断的にゲノムデータを解析・検索可能な解析パイプラインシステム を実現する. 本稿では,メタデータ入出力システムの詳細について解説するとともに,パイプラインシステムの現状と課題について議論を行う.
1 0 0 0 OA オープン・クローズ戦略に沿った 農研機構食品機能性成分統合データベースの開発と公開
- 著者
- 桂樹 哲雄 森 翔太郎 十一 浩典 石川(高野) 祐子 小林 暁雄 伊藤 研悟 山本(前田) 万里 川村 隆浩
- 出版者
- 国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
- 雑誌
- 農研機構研究報告 (ISSN:24349895)
- 巻号頁・発行日
- vol.2023, no.13, pp.47-61, 2023-03-31 (Released:2023-03-31)
- 参考文献数
- 15
農研機構では,2012-2015 年度に実施した機能性農林水産物・食品開発プロジェクトの成果物を元に,農林水産物が持つ機能性成分について文献情報と共に整理し,「機能性成分・評価情報データベース」として2018 年より公開している.一方,2019 年から,農研機構は島津製作所と共同で「食品機能性成分解析共同研究ラボ(NARO 島津ラボ)」を設置し,機能性農林水産物に関する様々な分析を実施してきた.また,農研機構内には戦略的イノベーション創造プログラム第2 期「スマートバイオ産業・農業基盤技術」(SIP2)の分析データも存在する.このたび農研機構では,機構内で得られた食品機能性成分データを一か所に集める狙いから,「機能性成分・評価情報データベース」,「NARO 島津ラボ」のデータ,SIP2 の成果等を集約し,「農研機構食品機能性成分統合データベース」を開発した.収録するデータには,公開情報だけでなく閲覧者を制限すべきクローズドデータが含まれるため,柔軟なユーザ認証機能を導入し,適切なアクセス管理を行えるようにした点に特徴がある.本データベースでは,データの属性に応じて検索結果をグループ化して表示するファセット検索機能やグラフ表示機能などを実装した.
1 0 0 0 OA de novo分子生成機を用いたNMRスペクトルからの分子同定
- 著者
- 張 金哲 寺山 慧 隅田 真人 伊藤 研悟 菊地 淳 津田 宏治
- 出版者
- Division of Chemical Information and Computer Sciences The Chemical Society of Japan
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集
- 巻号頁・発行日
- pp.1P09, 2019 (Released:2019-10-22)
- 参考文献数
- 12
NMR測定は試料中に含まれる分子を確定・同定する際に重要な測定である.通常,得られたNMRスペクトルのピーク位置は分子の官能基・部位毎に異なることから,データベースなどを参照し,知識を持つ人の手によって帰属が行われ,試料に含まれる分子の確定・同定を行うことが可能である.しかし,人が介入することから,客観性や人の労力の観点から問題になることもある.このような問題に対処するために,我々はNMRスペクトルから機械学習と探索アリゴリズムを用いて自動的に含まれる分子を同定する手法開発に取り組んでいる.本発表では,量子化学計算とde novo 分子生成機を組み合わせた手法で,所望のNMRスペクトルを持つ分子を設計することにより,分子を同定する手法の自動化の取り組みを紹介する