6 0 0 0 OA 深層学習技術を用いたクライオ電子顕微鏡データに潜むタンパク質運動性情報の抽出
- 著者
- 松本 篤幸 寺山 慧 奥野 恭史
- 出版者
- 一般社団法人 日本生物物理学会
- 雑誌
- 生物物理 (ISSN:05824052)
- 巻号頁・発行日
- vol.62, no.3, pp.193-197, 2022 (Released:2022-07-25)
- 参考文献数
- 9
- 被引用文献数
- 1
タンパク質機能を理解する上で,その動的振る舞いを知ることは極めて重要である.我々は近年発展目覚ましいクライオ電子顕微鏡単粒子解析によって得られる3次元密度マップから,深層学習技術を利用して直接的に運動性の情報を抽出する手法DEFMapを開発した.本稿ではその概説と構造生物学への展開について紹介する.
2 0 0 0 OA 深層学習と木探索に基づくde novo分子設計
- 著者
- 石田 祥一 吉澤 竜哉 寺山 慧
- 出版者
- 公益社団法人 日本薬学会 構造活性相関部会
- 雑誌
- 構造活性相関部会ニュースレター SAR News (ISSN:24369152)
- 巻号頁・発行日
- vol.44, pp.1-7, 2023-04-01 (Released:2023-04-05)
2 0 0 0 OA コンピュータ支援有機合成の現在
- 著者
- 松原 誠二郎 寺山 慧 奥野 恭史
- 出版者
- 公益社団法人 日本薬学会
- 雑誌
- MEDCHEM NEWS (ISSN:24328618)
- 巻号頁・発行日
- vol.28, no.4, pp.181-186, 2018-11-01 (Released:2020-05-01)
- 参考文献数
- 8
有機分子は、炭素および水素原子を基調としてわずか数種の原子から構成されているにも関わらず、構成原子の順列・組み合わせの結果、異なる機能をもつ分子を無限に設計することができる。それらを実際に合成する際には、まず逆合成と呼ばれる思考実験を行い、でき上がったパズルをピースに戻すように分割を続けて、入手可能な原料からの合成ルートを設計する。このルートに従った合成が実際にうまくいくかどうかは、最初の思考実験の質と精度に依存する。この逆合成では、過去のすべての有機反応データの利用が鍵となるので、AIを用いる手法により、さらに高度に行えるのではないかという期待が高まり、近年大きな進展が見られている。
1 0 0 0 OA de novo分子生成機を用いたNMRスペクトルからの分子同定
- 著者
- 張 金哲 寺山 慧 隅田 真人 伊藤 研悟 菊地 淳 津田 宏治
- 出版者
- Division of Chemical Information and Computer Sciences The Chemical Society of Japan
- 雑誌
- ケモインフォマティクス討論会予稿集
- 巻号頁・発行日
- pp.1P09, 2019 (Released:2019-10-22)
- 参考文献数
- 12
NMR測定は試料中に含まれる分子を確定・同定する際に重要な測定である.通常,得られたNMRスペクトルのピーク位置は分子の官能基・部位毎に異なることから,データベースなどを参照し,知識を持つ人の手によって帰属が行われ,試料に含まれる分子の確定・同定を行うことが可能である.しかし,人が介入することから,客観性や人の労力の観点から問題になることもある.このような問題に対処するために,我々はNMRスペクトルから機械学習と探索アリゴリズムを用いて自動的に含まれる分子を同定する手法開発に取り組んでいる.本発表では,量子化学計算とde novo 分子生成機を組み合わせた手法で,所望のNMRスペクトルを持つ分子を設計することにより,分子を同定する手法の自動化の取り組みを紹介する