著者

富永 大介 ポールホートン

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.13(2006-BIO-004), pp.17-23, 2006-02-09

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生物学全般において、たとえば概日周期変動や個体数の通年での変化の解析など、定量的観測値の時間変化が周期性を持つかどうかの判断を必要とすることは多い。しかしその判断基準はデータの特性に応じて経験的に、ケースバイケースで決められており、研究者や状況によって判断が変わることがありえるため、客観性を欠いた解析、解釈が行われやすい。したがって、慈恵性を含まない判断基準が必要である。そこで我々は判断基準として情報量基準を導入し、悪意性を排除した判断を行うアルゴリズムを考案した。そのアルゴリズムを乱数データと遺伝子発現観測データに適用し、この手法の有効性を示した。

著者

富永 大介 松井 三枝 田中 恒彦 宮森 孝史 苧阪 満里子

出版者

公益社団法人 日本心理学会

雑誌

日本心理学会大会発表論文集 日本心理学会第71回大会 (ISSN:24337609)

巻号頁・発行日

pp.WS024, 2007-09-18 (Released:2018-08-15)

著者

富永 大介 ポールホートン

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.13, pp.17-23, 2006-02-09

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生物学全般において、たとえば概日周期変動や個体数の通年での変化の解析など、定量的観測値の時間変化が周期性を持つかどうかの判断を必要とすることは多い。しかしその判断基準はデータの特性に応じて経験的に、ケースバイケースで決められており、研究者や状況によって判断が変わることがありえるため、客観性を欠いた解析、解釈が行われやすい。したがって、慈恵性を含まない判断基準が必要である。そこで我々は判断基準として情報量基準を導入し、悪意性を排除した判断を行うアルゴリズムを考案した。そのアルゴリズムを乱数データと遺伝子発現観測データに適用し、この手法の有効性を示した。For biological time series data, such as circadian expression of genes, population of individuals, etc., judgment whether time series is periodic or not is often done widely. However, in most cases, criteria of judgments are defined by arbitrary parameters based on characteristics of data and analysts experiences, and there is no universal judgment criterion. Non-arbitrary judgment is important and needed. We developed an algorithm for non-arbitrary periodicity judgment by introducing Information Criterion. We applied the algorithm to randomly generated time series data and gene expression profile of mice to find circadian genes, and compared with widely used conventional judgment methods. Our algorithm shows both high sensitivity and specificity.