著者

川添 康司 高橋 由雅

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

ケモインフォマティクス討論会予稿集 第24回情報化学討論会

巻号頁・発行日

pp.J17, 2001 (Released:2001-10-24)

参考文献数

3

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We have investigated the audification of molecular information. The musical note information consists of a tone, a velocity and a type of a musical note. The sequence of this musical note information forms a musical score. In the present work, we have developed a computer program for the audification of gene. The DNA nucleotide sequence of a gene was employed for the audification. The program assigns the musical note information to each nucleotide using the transformation algorithm and then outputs the MIDI sequence as the musical score for a MIDI device. Several transformation algorithms were investigated as follows: (1) the simple mapping method that assigns notes to the DNA bases. (2) The unique mapping method that assigns the note information with the base usage on the sequence. (3) The musical-theory-based mapping method that is based on the musical theory to get a better musical score. For the third method, mapping the chord to the codon to form the bass line was employed too. It was observed that it is possible to get some advanced transformation from the DNA sequence to the musical score using the information derived from the base array.

著者

志賀 元紀 高橋 由雅

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.11, no.2, pp.104-111, 2012

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医薬品の候補となる化合物空間は極めて膨大であり,また,化合物関連データベースが大規模化しているため,少ない計算コストのデータ解析手法が望まれる.本研究では,高橋らの開発した特徴ベクトルであるトポロジカルフラグメントスペクトル(Topological Fragment Spectra, TFS)を圧縮するによって,計算コストを抑えるアプローチを検討した.まず,TFSが周期性のあるスペクトルであることを示した.そして,周期性信号の圧縮に用いられるフーリエ変換とウェーブレット変換に基づくアプローチを用いて圧縮する手法を検討した.各手法で圧縮した特徴ベクトルを用いた類似度構造検索および薬理活性予測の数値実験によって,ウェーブレット変換による圧縮がより効率的な圧縮法であることが示された.

著者

大西 貴之 高橋 由雅

出版者

人工知能学会

雑誌

人工知能学会全国大会論文集 (ISSN:13479881)

巻号頁・発行日

vol.26, 2012

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薬物開発研究においては、第一に、膨大な候補構造空間の中から、注目する活性発現が期待される候補構造を探し出す必要がある。本研究では、分子骨格に対応する多様なNTG(Non-Terminal vertex Graph)よりスーパーグラフを生成し、このNTGスーパーグラフに対する部分グラフマイニングにより、特定の薬理活性の発現が期待される薬物の新たな候補骨格構造の探索・発見のための手法について議論する。

著者

荒井 研介 高橋 由雅

出版者

一般社団法人 人工知能学会

雑誌

人工知能学会全国大会論文集 第26回全国大会(2012)

巻号頁・発行日

pp.3D2R133, 2012 (Released:2018-07-30)

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本研究室では、分子構造情報の表現手段の一つとして、分子グラフを符号化し、符号列から楽譜を生成し、MIDI音源を利用して演奏する「分子ミュージック」の研究を進めている。従来手法では、構造が類似しているにもかかわらず、生成される楽譜に大きな違いが生じる場合があり、音楽的にも不安定なものとなっていた。そこで、分子グラフの骨格毎に明確な違いを表現し、音楽理論を反映した楽譜生成アルゴリズムを提案する。

著者

冨士本 貴行 高橋 由雅

出版者

一般社団法人 人工知能学会

雑誌

人工知能学会全国大会論文集 第17回全国大会(2003)

巻号頁・発行日

pp.11, 2003 (Released:2004-02-03)

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化合物分子は、各々固有の化学構造を有している。本研究ではこうした構造情報の符号化とこれに基づく音符化のアルゴリズムを工夫し、化学構造式を音楽情報として表現するための方法について検討を行った。

著者

有本 繁弘 高橋 由雅

出版者

一般社団法人 人工知能学会

雑誌

人工知能学会全国大会論文集 第18回全国大会(2004)

巻号頁・発行日

pp.180, 2004 (Released:2006-02-11)

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本研究は遺伝子のDNA塩基配列からの音楽生成を目的とする.筆者らが先に報告したSoundDNAシステムに対し,音楽性を考慮した新たな配列/楽譜変換アルゴリズムを提案し,合わせて計算機に実装した.

著者

志賀 元紀 高橋 由雅

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.2012-0002, (Released:2012-06-30)

参考文献数

25

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医薬品の候補となる化合物空間は極めて膨大であり,また,化合物関連データベースが大規模化しているため,少ない計算コストのデータ解析手法が望まれる.本研究では,高橋らの開発した特徴ベクトルであるトポロジカルフラグメントスペクトル(Topological Fragment Spectra, TFS)を圧縮するによって,計算コストを抑えるアプローチを検討した.まず,TFSが周期性のあるスペクトルであることを示した.そして,周期性信号の圧縮に用いられるフーリエ変換とウェーブレット変換に基づくアプローチを用いて圧縮する手法を検討した.各手法で圧縮した特徴ベクトルを用いた類似度構造検索および薬理活性予測の数値実験によって,ウェーブレット変換による圧縮がより効率的な圧縮法であることが示された.

著者

高橋 由雅 佐々木 慎一

出版者

The Society of Synthetic Organic Chemistry, Japan

雑誌

有機合成化学協会誌 (ISSN:00379980)

巻号頁・発行日

vol.45, no.11, pp.1087-1097, 1987-11-01 (Released:2010-01-22)

参考文献数

15

被引用文献数

3

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It is well known that chemical structure diagram or three-dimensional structure of a compound molecule involves much information related to biological activity, reactivity, or various physicochemical properties on itself. It is a very important thing in a wide range of chemical research to compare the chemical compounds on the basis of such structural information. Especially, in the area of structure-activity studies, to investigate structural feature such as functional groups or substructural fragments, common to a group of chemical compounds exhibiting a particular biological activity often provides us with very useful and objective information which may be resulted in hypothetical pharmacophore.In this article, a couple of approaches for the automated recognition of common structural patterns among drug molecules will be described. One is related to the maximal common substructure search which can be used to find some topological pharmacophore, and the other one is for the common geometrical pattern search in which three-dimensional geometry of molecules are taken account. The latter approach may be used to identify a certain topographical or three-dimensional pharmacophore. The basic algorithms and related software systems will be summarized with some illustrative examples.