文献一覧: 木原大 (著者)

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

著者: 寺師玄記木原大亮
出版者: 日本結晶学会
雑誌: 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
巻号頁・発行日: vol.65, no.1, pp.3-9, 2023-02-28 (Released:2023-03-08)
参考文献数: 24

Since its appearance in 2021, Alphafold2, an accurate protein structure prediction method, has quickly been adopted and substantially impacted biology research, particularly in the field of structural biology. In this review, we discuss recent advancements in the development of computational structural modeling tools related to Alphafold2. Additionally, we discuss deep learning-based structure modeling methods for cryo-electron microscopy.

2023-05-12 14:28:53
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18 0 0 0 OA クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法

著者: 寺師玄記木原大亮
出版者: 特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会
雑誌: JSBi Bioinformatics Review (ISSN:24357022)
巻号頁・発行日: vol.4, no.2, pp.91-103, 2023 (Released:2023-11-01)
参考文献数: 47

2015年以降、急速に発展してきたクライオ電子顕微鏡(cryo-Electron Microscopy, cryo-EM)は、タンパク質やDNA、RNAといった生体分子の三次元構造の解析において、欠かすことのできない技術となっている。一方、最近では人工知能や深層学習、画像認識技術などの計算科学の手法が多くの科学分野で適用され、著しい成果を挙げている。最近ではこれら2つの技術の発展と融合により、生体分子の研究の基礎である構造生物学は、急速に大きく進展している。本総説では、まずクライオEMの背景と基本的な技術を紹介し、さらに利用可能なデータベースやデータ構造についても紹介する。その後、クライオEMデータにおける深層学習の適用について、特に生体分子構造の解析に焦点を当て、筆者らの研究グループが開発したプログラムを中心に紹介する。