著者
泉 ひかり 萩原 聖士 玄 浩一郎 井尻 成保 足立 伸次
出版者
北海道大学大学院水産科学研究院
雑誌
北海道大学水産科学研究彙報 (ISSN:13461842)
巻号頁・発行日
vol.65, no.3, pp.125-130, 2015-12-20

Removal of ribosomal RNAs(rRNA) from total RNA in eggs before preparation of a RNA library is required for the analysis of maternal mRNA using next-generarion sequencing ; this mRNA is essential for normal development. In mammals, the rRNA-depletion method is well-established and is already being used for the development of experiment kits. However, this method is not designed for other species, e.g., non-model organisms. In the current study, we attempted to remove rRNA from total RNA of Japanese eel Anguilla japonica, which is one of the most important aquaculture species in Japan. Removal was performed via hibridization-selection using mammalian probes from a commmercially available kit and/or an ordinally designed eel probe. Quantitative polymerase chain reaction(PCR) was performed to examine the depletion efficiency of 18S rRNA and 28S rRNA were comparative between each method, and >98% depletion was achieved. In addition, RNA-sequencing analysis using a next-generation sequencer and read-mapping analysis were carried out using the rRNA-depleted RNA, which was prepared using a mammalian probe, and mapping analysis revealed that rRNA reads were <1% of the total reads. These results suggest that an rRNA-depletion kit designed for a mammal can also be used for fish species.
著者
足立 伸次 井尻 成保
出版者
北海道大学
雑誌
基盤研究(B)
巻号頁・発行日
2017-04-01

チョウザメの性分化および卵成熟/排卵に関わる因子を、次世代シーケンサー(NGS)を用いて網羅的に解析することで、それらの機能、特異性および動態などの膨大な情報を短期間で集積し、チョウザメの生殖現象の分子機構解明を推進した。また、各ステージに特徴的な多数の分子マーカーを探索し、それらを利用して、早期性判別、安定的良質卵生産技術およびすべての結果を結集した全雌生産技術開発を進めた。その結果、ついにホルモンを用いないチョウザメの全雌生産の実現が目前に迫った。
著者
佐々木 義隆 水野 伸也 今田 和史 吉田 豊 守山 義昭 足立 伸次
出版者
水産増殖談話会
雑誌
水産増殖 = The aquiculture (ISSN:03714217)
巻号頁・発行日
vol.56, no.2, pp.211-219, 2008-06-20
参考文献数
16
被引用文献数
2

2003年6月9日から9月10日にかけて天塩川水系のヤマトシジミを採取し軟体部および生殖巣指数の変化を調べるとともに、生殖巣の組織像から成熟時期の推定を行った。また、人工産卵誘発条件として最適な水温および塩分条件、並びに成熟時期と産出卵から着底稚貝までの生産性の関係について検討した。その結果、天塩川では雌雄ともに軟体部および生殖巣指数は6月上旬に低く7月上旬にかけて上昇し、その後短期間に急激に減少した。生殖巣の組織像は6月上旬から下旬にかけて成長期を示し、7月上旬には成熟期から放出期に移行していた。このことから軟体部指数および生殖巣指数の急激な減少は成熟卵および精子の放出によるものと推測された。また、供試貝を水温条件20〜30℃に保った塩分0〜10psuの水に移行し産卵数から最適な水温および塩分条件を検討した結果、水温25℃、塩分5psuの条件で最も多くの産卵がみられた。この条件を用いて7月7日〜8月5日にかけて5回人工産卵誘発を行ったところ、7月9日に人工産卵を行った群において雌親個体あたりの産卵数が最も多く、また10日後における着底稚貝までの生残率が最も高かった。天塩川水系産ヤマトシジミにおいて人工種苗生産に適した時期は極めて限られた期間であり、成熟時期の把握が極めて重要であることが示唆された。