著者
土居 秀幸 岡村 寛
出版者
一般社団法人 日本生態学会
雑誌
日本生態学会誌 (ISSN:00215007)
巻号頁・発行日
vol.61, no.1, pp.3-20, 2011-03-30 (Released:2017-04-21)
参考文献数
49
被引用文献数
10

群集生態学では、古くから類似度指数を用いた解析が頻繁に用いられてきた。しかし近年、汎用性の高い新たな類似度や検定手法が提案されているにもかかわらず、それらが十分に普及し利用されているとは言い難い。そこで、本総説では、現在までに発表されている代表的で有用な類似度、それを使ったグラフ表示、統計的検定について解説を行う。各類似度の成り立ち、指数ごとの特性、利用方法について初学者向けの説明を試みる。各種手法の理解の助けのため、統計ソフトRのveganパッケージを用いた分析を取り上げ、例題や付録のRコードを用いてveganによる解析手順を紹介する。利用実態としては、Jaccard指数など古くから提案されている指数が近年でも多く用いられているが、Chaoによって近年開発された指数は希少種を考慮した汎用性の高い類似度指数として優れており、Chao指数の利用が促進されることが望ましい。また、類似度を用いた検定についてもPERMANOVAなどの新しい統計手法の利用が図られるべきである。今後の群集解析において、これらの手法が取り入れられることにより、より適切な生態系の評価が行われ、新たな発見につながることが期待される。

言及状況

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パッケージ vegan を使った正準対応分析に関する質問に以前,回答したことがあります。 https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q14222098714 PERMANOVA は, PERmutational Multivariate ANalysis Of VAriance の略です。 シミュレーショ ...

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論文(2011)再読。初学者向けによく利用される類似度指数と群集解析の手法を解説。群集を比較する際に標本サイズの影響を受けるかどうか、計算内容から理解できて良い。 https://t.co/DQfr4zYI4u
@minekuso_ https://t.co/FxX1gYakkg
permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA)との分析を見かけた。生態学などで用いられる。土居・岡村(2011) https://t.co/Yan9YdA0Qg がRのvegan::adonis()で計算する方法まで詳説し、類似度のChao指数を紹介。より最近のPERMANOVAの解説はAnderson (2017) https://t.co/HgsZtQnFxB
生物群集解析のための類似度とその応用: R を使った類似度の算出、グラフ化、検定」集団を対象とした指標や分析が勉強になりました。 https://t.co/79usw6mQHT
https://t.co/p1WuPOcyhg

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