著者

安藤 和敏 伊藤 公人 甲斐 充彦 前田 恭伸 関谷 和之

出版者

公益社団法人日本オペレーションズ・リサーチ学会

雑誌

オペレーションズ・リサーチ : 経営の科学 (ISSN:00303674)

巻号頁・発行日

vol.57, no.6, pp.315-321, 2012-06-01

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静岡大学工学部システム工学科で開講している授業科目「プログラムコンテスト」において,敢闘賞の決定を最短距離DEAによって行った.プログラムコンテストはグループで協調して自発的に学習に取り組むProblem Based Learningの1つであり,コンテスト形式は各グループが互いに競争して研鑽する仕掛けの1つである.競争の前提として,グループの能力が均一であることが望まれるが,グループ編成の実務上では実現困難である.どのグループも質の高いグループ活動を最後まで持続しコンテストに意欲的に参加することを期待し,2011年度から「敢闘賞」を新設した.新設の経緯と「敢闘賞」決定に用いたDEA,そしてその評価結果を報告する.

著者

米澤 弘毅 五十嵐 学 伊藤 公人

雑誌

研究報告バイオ情報学(BIO)

巻号頁・発行日

vol.2012, no.22, pp.1-5, 2012-06-21

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近年,インフルエンザをはじめ様々な病原体の遺伝子情報が大量に蓄積されつつある.データセットの増大に伴い,配列解析にかかる計算コストが急増している.また,疫学調査活動の差異により,データセットは調査地域や年代に関して大きなサンプリングバイアスを含む.本研究では,進化系統樹を利用してサンプリング密度の高い配列を適宜取り除くリサンプリングアルゴリズムを提案し,その性能を比較実験により評価する.Recently a large number of nucleotide sequences of various pathogens are available in public databases. The growth of the datasets has resulted in an enormous increase in computational costs. Moreover, due to differences in surveillance activities, the number of sequences found in databases varies from one country to another and from year to year. Therefore it is important to study resampling methods to reduce the sampling bias. In this paper we propose a novel algorithm-called the closest-neighbor trimming method-that resamples a given number of sequences from a large nucleotide sequence dataset. We compare the performance of the proposed algorithm with other algorithms by using the nucleotide sequences of human H3N2 influenza viruses.

著者

有村 博紀 宇野 毅明 湊 真一 平田 耕一 伊藤 公人 下薗 真一 喜田 拓也

出版者

北海道大学

雑誌

基盤研究(A)

巻号頁・発行日

2012-04-01

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本研究では,実世界と情報世界が融合した巨大な情報空間から有用な知識を効率よくとりだすための大規模半構造マイニング技術の確立を目指す.とくに,大規模規模知識基盤形成システムのための基礎技術として,超高速半構造マイニングエンジンと,時空間情報を用いた半構造マイニング技術の研究開発,周辺技術として,確率的情報スキーマの導入と,知識連係技術と知識索引技術の研究開発を行った.開発した技術の実装と最適化によりプロトタイプシステムの構築を行った.

著者

伊藤 公人

出版者

日本ウイルス学会

雑誌

ウイルス (ISSN:00426857)

巻号頁・発行日

vol.61, no.1, pp.3-14, 2011-06-25 (Released:2012-03-20)

参考文献数

69

被引用文献数

1 1

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毎年世界中で季節性インフルエンザが流行し,高熱,急性肺炎等の重篤な疾病を引き起こしている.インフルエンザの予防にはワクチン接種が有効であるが,人の免疫圧による選択淘汰を受け,ウイルスの抗原性が変化し続けるため,流行しているウイルスの抗原性に合わせてワクチン株を更新しなければならない.本総説では,最新の知見を含め,バイオインフォマティクスをワクチン株選定や抗原変異予測に活用する研究事例を概説する.

著者

谷口 剛 伊藤公人 五十嵐 学 村上 悌治 高田 礼人 原口 誠

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2006, no.135, pp.185-192, 2006-12-22

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インフルエンザウイルスにおける抗原変異の規則性を発見するために,アミノ酸残基の共変異を解析する共変異とは,タンパク質を構成するアミノ酸残基のうち〆複数の位置のアミノ酸が共に置換する現象である.従来からアミノ酸残基の共変異を解析する手法がいくつか提案されていたが,それらの手法では進化の過程における分岐や時間的関係が考慮されていなかったそこで,これらの問題を解決するために,進化系統解析によって得られる系統樹を利用する手法を提案する.過去40年間のH3N2亜型インフルエンザウイルスのHAタンパク質を対象とし,共変異の検出を行い,その結果を示す,また,共変異は時代と共に変化するため,共変異の変化を検出するための手法を提案する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of amino acid substitutions in the past. In this paper, we present a new method to extract the sets of residue positions which were involved in correlated mutations. We also discuss a method to detect changes of correlation among co-evolving residues.

著者

谷口 剛 原口 誠 伊藤公人

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2007, no.128, pp.251-258, 2007-12-21

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インフルエンザウイルスの遺伝子は突然変異を起こしやすい.抗体による免疫圧力によって,抗原性が変化したウイルスのみが生き残り,次の流行を引き起こす.ウイルスの進化の詳細を理解するために,本論文では,インフルエンザウイルスの進化において,アミノ酸置換の起こる残基位置が時代と共に変化するか否かを明らかにすることを目的とする.コントラストセットマイニングの枠組みを用いて,隣接するグループ列間の特徴的違いを発見するアルゴリズムを提案し,進化系統解析と提案手法を組み合わせることによって,アミノ酸置換の起こる残基位置の時代的変化を解析する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of ammo acid substitutions in the past. In this paper, we present a method to extract segment of ordered groups in a phylogenic tree constructed from influenza virus gene sequences. We develop an algorithm for segmentation of ordered groups based on a contrast set, which identifies differences between two groups. We apply our algorithm to given ordered groups obtained from the phylogenic tree.

著者

谷口 剛 原口 誠 伊藤公人

出版者

一般社団法人情報処理学会

雑誌

情報処理学会研究報告バイオ情報学(BIO) (ISSN:09196072)

巻号頁・発行日

vol.2007, no.128, pp.251-258, 2007-12-21

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インフルエンザウイルスの遺伝子は突然変異を起こしやすい.抗体による免疫圧力によって,抗原性が変化したウイルスのみが生き残り,次の流行を引き起こす.ウイルスの進化の詳細を理解するために,本論文では,インフルエンザウイルスの進化において,アミノ酸置換の起こる残基位置が時代と共に変化するか否かを明らかにすることを目的とする.コントラストセットマイニングの枠組みを用いて,隣接するグループ列間の特徴的違いを発見するアルゴリズムを提案し,進化系統解析と提案手法を組み合わせることによって,アミノ酸置換の起こる残基位置の時代的変化を解析する.The influenza viruses undergo antigenic drift to escape from antibody-mediated immune pressure. In order to predict possible structural changes of their molecules in future, it is important to analyze the patterns of ammo acid substitutions in the past. In this paper, we present a method to extract segment of ordered groups in a phylogenic tree constructed from influenza virus gene sequences. We develop an algorithm for segmentation of ordered groups based on a contrast set, which identifies differences between two groups. We apply our algorithm to given ordered groups obtained from the phylogenic tree.