3 0 0 0 OA COVID-19治療のためのコロナウイルス3CLプロテアーゼ阻害剤の開発
2019年末に発生した新型コロナウイルス感染症(COVID-19)は、パンデミックを引き起こし、世界中に感染が拡大している。この克服には、原因ウイルスであるSARS-CoV-2を標的とする治療薬の開発が不可欠である。ウイルスプロテアーゼ阻害剤は、エイズやC型肝炎の特効薬となっているが、SARS-CoV-2も感染細胞でのウイルス複製に不可欠な3CLプロテアーゼ(3CL-ProまたはM-Pro)を有している。したがって、当該酵素を標的とする選択的阻害剤は、明確な作用機序に基づいたCOVID-19治療薬の候補になると思われる。 我々は、 2002年のSARSの発生を機にSARS-CoVが有する3CL-Proの阻害剤開発を進めてきた。1-6 その結果、 アリールケトン型阻害剤4-Methoxyindole-2-carbonyl-Leu-Ala((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)-2-benzothiazole(YH-53、 Ki = 6 nM against SARS-CoV 3CL-Pro)の創製に至った。本阻害剤は、当該システインプロテアーゼの活性中心にあるSH基に対して、アリールケトン部が可逆的な化学反応を起こし、強力な競合型阻害を示す。 SARS-CoVとSARS-CoV-2における3CL-Proのアミノ酸配列相同性が非常に高いことから、我々はSARS-CoV-2に対するYH-53の効果を現在検討している。最新のデータではYH-53はSARS-CoV-2の3CL-Proに対し、強力な酵素阻害活性を示す。更に細胞ベースの抗ウイルス評価においてSARS-CoV-2の感染を良好に抑制することを確認した。シンポジウムではYH-53の開発経緯と共に評価結果を報告したい。References: 1) Sydnes, O. M., Kiso, Y., et al., Tetrahedron, 2006, 62, 8601-8609. 2) Regnier, T., Kiso, Y., et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 2009, 19, 2722-2727. 3) Konno, S., Hayashi, Y., et al., Bioorg. Med. Chem., 2013, 21, 412-424. 4) Thanigaimalai, P., Hayashi, Y., et al., Eur. J. Med. Chem., 2013, 65, 436-447. 5) Thanigaimalai, P., Hayashi, Y., et al., Eur. J. Med. Chem., 2013, 68, 372-384. 6) Thanigaimalai, P., et al., J. Med. Chem., 2016, 59, 6595-6628 (総説).
3 0 0 0 OA 長波長X線を利用したタンパク質結晶構造解析
- 著者
- 松垣 直宏 山田 悠介 引田 理英 平木 雅彦 千田 美紀 千田 俊哉
- 出版者
- 日本結晶学会
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.62, no.1, pp.56-61, 2020-02-29 (Released:2020-03-06)
- 参考文献数
- 21
Applying long wavelength X-ray (ca. longer than 2 Å) in macromolecular crystallography has been limited due to the lack of dedicated measurement environment. Photon Factory BL-1A, as an MX beamline optimized for diffraction experiment using the wavelength from 2.7 to 3.3 Å, offers the opportunity to routinely perform data collection for Native SAD phasing or light atoms identification with much sophisticated manner. Sample optimization is another key for successful experiment at the wavelength where severe absorption is inevitable. We describe how the difficulties in use of long wavelength X-ray were overcome at the beamline and the auxiliary facility, as well as the current results of Native SAD phasing.
1 0 0 0 OA 集合系マシーナリとしての芳香族化合物分解系―ジオキシゲナーゼを中心として―
- 著者
- 千田 俊哉 福田 雅夫
- 出版者
- The Crystallographic Society of Japan
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.45, no.1, pp.71-75, 2003-02-28 (Released:2010-09-30)
- 参考文献数
- 10
Two dioxygenases found in the PCB degradation pathway, biphenyl dioxygenase and extradiol type catecholic dioxygenase, play key roles in the pathway. The crystal structures of reaction intermediates of the dioxygenases have revealed the catalytic mechanisms of theses enzymes.
1 0 0 0 OA エックス線結晶構造解析で用いるタンパク質結晶の質を大きく改善する手法の開発
- 著者
- 千田 俊哉
- 出版者
- 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構
- 雑誌
- 挑戦的萌芽研究
- 巻号頁・発行日
- 2012-04-01
多段階で複数の種類のクライオプロテクタント溶液にソーキングする「多段階ソーキング法」の手法を確立し、CagA結晶の質を10オングストローム分解能から3.1オングストローム分解能に改善した。CagA結晶の場合には、二段階で二種類のクライオプロテクタント溶液(トレハロースとPEG1000)にソーキングした場合に最も分解能が改善された。さらに、この手法を他のいくつかのタンパク質結晶にも適用し、当初3.5オングストローム分解能の回折しか生じなかった結晶の質を最終的には2.1オングストローム分解能まで改善することができた。
1 0 0 0 OA 創薬等支援技術基盤プラットフォームで取り組む相関構造解析
- 著者
- 湯本 史明 千田 俊哉
- 出版者
- 日本結晶学会
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.57, no.1, pp.47-52, 2015-02-28 (Released:2015-03-05)
- 参考文献数
- 35
Protein crystallography has been leading the structural biology field by solving molecular structures at atomic resolution. However, it has been limited in the integration of structural information of macromolecules with a dynamic nature, which can adopt various conformations in time scales of motion even in large complexes. Therefore, it is critical to use multiple methodologies to understand biological phenomena, and connect the interfaces of molecules at both molecular and atomic resolution in macromolecular assembly. “Correlated structural analysis” is a concept in structural life science to fill the gaps between structural biology techniques. In Japan, the Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science has been launched with diverse expertise in bioinformatics, sample production, and structure determination. The platform supports not only conventional structural studies via X-ray crystallography, but also correlated structural analysis by integrating protein crystallography, small angle X-ray scattering, NMR, and electron microscopy data.