5 0 0 0 OA DNA構造バイオナノテクノロジー
- 著者
- 近藤 次郎
- 出版者
- 日本結晶学会
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.60, no.2-3, pp.121-128, 2018-05-31 (Released:2018-06-02)
- 参考文献数
- 23
DNA is very attractive as bio-nanomaterials, since it is chemically stable, biocompatible, less toxic, environmentally friendly and easy to synthesize. In addition, the discovery of metal-mediated base pairs, such as T-Hg(II)-T and C-A(gI)-C, has inspired scientists to develop several nanodevices including heavy metal sensor and trapping beads. Recently, we have successfully developed a silver-DNA hybrid nanowire composed only of silver-mediated base pairs, in which Ag(I)make uninterrupted one-dimensional array along the DNA helical axis. In addition, its structure was solved by high-resolution X-ray crystallography. In this article, I present a variety of complicated and beautiful DNA structures and discuss the future outlook of “DNA structural bio-nanotechnology”.
1 0 0 0 OA DNAの八重らせん構造およびその開裂四重鎖構造とそれらの生物学的意義
- 著者
- 近藤 次郎 竹中 章郎
- 出版者
- The Crystallographic Society of Japan
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.46, no.5, pp.345-351, 2004-10-29 (Released:2010-09-30)
- 参考文献数
- 24
- 被引用文献数
- 1
Recent human genome projects have revealed that exons encoding proteins count only a few percents, whereas many kinds of repetitive sequences occupy more than 50 % of genome. Some of the latter are related to genetic diseases, but their biological functions and structures are still unknown. Two X-ray structures of a short DNA fragment of d (gcGA [G] 1Agc) show that four base-intercalated duplexes are assembled to form an octaplex at a low K+ concentration, in which the eight G5 residues form a stacked double G-quartet in the central part. At a higher K+ concentration, however, the octaplex is split into just two halves. These structural features suggest a folding process according to a double Greek-key motif for eight tandem repeats of d (ccGA [G] 4Agg) found in Variable number of tandem repeat (VNTR) immediately adjacent to the human pseudoautosomal telomere. Such a packaging of the repeats could facilitate slippage of a certain VNTR sequence during DNA replication, to induce length polymorphism by increasing or decreasing of the repeats.
1 0 0 0 OA 非来所全自動測定を活用したDNAものづくり
- 著者
- 近藤 次郎
- 出版者
- 日本結晶学会
- 雑誌
- 日本結晶学会誌 (ISSN:03694585)
- 巻号頁・発行日
- vol.63, no.3, pp.224-226, 2021-08-31 (Released:2021-09-02)
- 参考文献数
- 14
High-speed, fully automated data collection allows us to conduct DNA Monozukuri (manufacturing) based on a large number of 3D structural information. In the process of designing and synthesizing prototype DNAs by mimicking structures deposited in Protein Data Bank (PDB), brushing up their functions, and obtaining the finished products, each of the previously- and newly-solved crystal structures will be respected and reviewed/observed in more detail than before.
1 0 0 0 OA 巻頭言
- 著者
- 近藤 次郎
- 出版者
- 日本信頼性学会
- 雑誌
- 日本信頼性技術協会誌 (ISSN:18846475)
- 巻号頁・発行日
- vol.8, no.3, pp.1-5, 1986 (Released:2010-09-07)
1 0 0 0 日本学術会議 第5部報告
- 著者
- 中野 長久 宮武 和孝 乾 博 穂波 信雄 村上 克介 金井 謙二 辰巳 雅彦 相賀 一郎 近藤 次郎
- 出版者
- CELSS学会編集委員会
- 雑誌
- CELSS journal (ISSN:09154353)
- 巻号頁・発行日
- vol.10, no.2, pp.13-23, 1999-03-01
- 参考文献数
- 28
1 0 0 0 乱流要素渦による乱流理論・予測・制御の新展開
「要素渦」とは混沌とした乱流場の中に存在する微細な秩序構造であるが,近年のスーパーコンピュータや高性能の実験装置の普及のもと,高度な計算アルゴリズムや実験技術の開発により,ごく最近,その物理特性の詳細が明らかになり,また乱流エネルギーの散逸や乱流混合に重要なはたらきをしていることがわかってきたものである。この要素渦に着目し,自然界,実験室,そしてコンピュータ上で実現されるさまざまな種類の乱流に対して,その物理特性や乱流力学におけるはたらきのいくつかを,理論,実験,ならびに数値計算によって明らかにした。要素渦は乱流の種類によらず共通で,管状の中心渦に周辺渦が層状に取り巻いていること,中心渦の断面の太さや回転速度はコルモゴロフのスケーリング則に従うが渦の長さは乱流の大規模スケールにまで及ぶこと,レイノルズ数の大きな流れにおいては,要素渦が群を作り空間に局在化すること,複数の要素渦が反平行接近して混合能力を高めること,等々の特徴がある。要素渦の工学的応用として,要素渦に基づくラージ・エディ・シミュレーションのモデルの開発,要素渦を操作することによる壁乱流のアクティブ・フィードバック制御,「大規模要素渦」としての縦渦の導入による超音速混合燃焼の促進,「大気の組織渦」としての竜巻の発生機構,等の研究を発展させてきた。さらに,クエット乱流中に要素渦の再生を伴なう「不安定周期運動」(乱流の骨格とも呼べる時空間組織構造)を発見した。本特定領域研究によって得られた乱流要素渦の概念,反平行接近などの渦の力学,低圧力渦法などの流れ場の解析手法,などを理論的ツールとして,乱流構造や乱流力学の本質を探る研究が今後大いに進展されることを期待している。