著者

田村 綾子 Gerardo VALADEZ HUERTA 難波 優輔 久間 馨 古山 通久

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.4, pp.129-133, 2022 (Released:2023-06-22)

参考文献数

9

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Multi-element alloy nanoparticles have attracted attention for their potentially high catalytic properties. However, a high degree of freedom in configurations of metal atoms within nanoparticle increases the distinct adsorption sites, making it difficult to theoretically analyze its catalytic properties because the first-principles calculation requires a considerable computational cost. In this study, we develop a sequential scheme to calculate hundreds of adsorption sites by employing a pre-trained universal neural network potential named PFP. Our automated scheme is applied to CO single-molecule adsorption of CO onto PtRuIr ternary alloy nanoparticles. The calculation results are first compared with DFT results to confirm the accuracy. Adsorption energies in the alloy systems are widely distributed in comparison with those of the monometal counterparts, indicating that the alloy nanoparticle includes adsorption sites with various catalytic activities.

著者

Rui SAITO Koji OKUWAKI Yuji MOCHIZUKI Ryutaro NAGAI Takumi KATO Kenji SUGISAKI Yuichiro MINATO

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan -International Edition (ISSN:2189048X)

巻号頁・発行日

vol.9, pp.2022-0036, 2023 (Released:2023-04-03)

参考文献数

32

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Computational protein folding has attracted considerable interest over the years, including molecular simulations and artificial intelligence assisted methods. On the other hand, research and development of quantum computer hardware and software have been thriving recently. In this paper, we report a case study of peptide (PSVKMA) folding based on a two-dimensional lattice model, by using both the blueqat quantum simulator (called AutoQML) and the IonQ quantum device. As a result, it was found that the actual device was still susceptible to noises.

著者

神部 順子 長嶋 雲兵 高妻 孝光 中山 栄子 青山 智夫

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of computer chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.8, no.1, pp.127-137, 2009-12-25

被引用文献数

1 6

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我々は、粒子状浮遊物質(Suspended Particulate Matter: SPM)等の環境汚染物質の測定にデジタル画像解析を用いることを始めている。そこで、晴天はデジタル画像解析でどのようにとらえられるかを、オーストラリアのシドニー、日本の九州南東部(宮崎市)、美ヶ原(松本市)、及び関東東北部(水戸、土浦、つくば)そして都内(三軒茶屋)で撮影した晴天のデジタル画像を解析することによって明らかにすることを試みた。<BR>雲一つ見られない晴天は、人間の眼で晴天に感じられる空であっても、デジタル画像の青/赤(B/R)比でみると場所による違いが見られ、デジタルカメラの感度の良さが確認された。デジタル画像のB/R比では宮崎市では3.9、 高原の美ヶ原では3.0を超える値となり、またシドニーや水戸および土浦、つくばなどの平地では2.0を超える値を取ることが判った。都心(三軒茶屋)でも天頂付近は2.0を超えるが、地上に近づくにつれSPM濃度が高くなりすぐに白濁する。航空機から撮影した画像でも、天頂付近は2.0を超える値となる。大まかに言えば晴天のデジタル画像はカメラに依存するとはいえB/Rが2より大きく、緑/赤(G/R)と青/赤(B/G)がほぼ等しく、それぞれ1.5程度の値をもつということができた。<BR>航空機から撮影した画像では、赤道付近には対流圏と成層圏の境に浮遊粒子状物SPMとおぼしき暗い雲が漂っていることが判った。

著者

Michiko YOSHITAKE Takashi KONO Takuya KADOHIRA

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.19, no.2, pp.25-35, 2020 (Released:2020-10-27)

参考文献数

18

被引用文献数

1

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A program for fully automatic conversion of line plots in scientific papers into numerical data has been developed. By the conversion of image data into numerical data, users can treat so-called 'spectra' such as X-ray photoelectron spectra and optical absorption spectra in their purpose, plotting them in different ways such as inverse of wave number, subtracting them from users' data, and so forth. This article reports details of the program consisting of many parts, with several deep-learning models with different functions, elimination of literal characters, color separation, etc. Most deep-learning models achieve accuracy higher than 95%. The usability is demonstrated with some examples.

著者

Tien Quang NGUYEN Yusuke NANBA Michihisa KOYAMA

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.4, pp.111-117, 2022 (Released:2023-05-16)

参考文献数

24

被引用文献数

1

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Thermodynamic properties and atomic configuration of PdRu alloy were investigated using Wang-Landau Monte Carlo method in combination with a newly-developed universal neural network potential. By using this new potential, excess energy of PdRu alloy was calculated. It is found that PdRu alloy in FCC lattice is unstable in the full range of alloy composition. This agrees with previous study based on density functional theory. The combined method was able to determine the configurational density of states, from which thermodynamic properties of the alloy were derived. It is found that when temperature increases, the excess free energy of the alloy is reduced, increasing the possibility of alloy mixing. Depending on the composition, transition peaks appear at finite temperatures where there are changes of preferable atomic arrangement due to the effect of temperature via the configurational entropy. In addition, the analyses on short-range order parameter and bond fraction show that PdRu alloy prefers to be in segregated form, where Pd and Ru are immiscible at low temperature, consistent with the experimental observations. The random mixing of Pd and Ru atoms in the form of solid-solution can occur at high temperature.

著者

吉野 輝雄

出版者

SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

雑誌

The Journal of chemical software (ISSN:09180761)

巻号頁・発行日

vol.2, no.4, pp.196-205, 1995-12-01

参考文献数

2

被引用文献数

2

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糖質 <SUP>1</SUP>H-NMRデータをファイルメーカーpro (クラリス社) を用いて作成した。このデータベースは、NMRデータを測定条件、文献とともに保存管理する目的だけでなく、構造未知の糖質のスペクトルを解析する場合に利用しやすい形にデータ表示する。例えば、NMRデータを画面またはプリンターに以下のように出力する;1) NMRデータと化学構造式を組み合わせたカード型表示、2) 3個または6個のデータの一画面への同時表示、3) 検索データについて統計処理計算を自動的に行い、ソートして表形式に表示する。また、保存データを他のアプリケーションで利用できるファイル形式で出力する。例えば、著者が開発した糖質、<SUP>1</SUP>H-NMRデータの線スペクトル表示ソフト (HNMR.BAS) へ転送して利用できる。

著者

中野 隆 笹金 光徳

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.9, no.1, pp.A3-A3, 2010

著者

城石 英伸 鈴木 和久 瀬尾 美智子 時田 澄男 金子 正夫

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of computer chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.1, no.1, pp.37-46, 2002-03-15

参考文献数

14

被引用文献数

2

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さまざまな消光剤濃度における減衰曲線を13種類のモデルで解析するため,減衰曲線の消光剤の濃度に対する関数を導出し,GAUSS-NEWTON法により解析するプログラム"Q-ChanG4(QuenCHingANalyzerG4)"を作成した。同時にStern-Volmer plotによる解析も行えるようにし,不均一系における消光機構の解析が容易にできるようにした。また、ポリエチレングリコール中でのRu(bpy)<SUB>3</SUB><SUP>2+</SUP>の発光のMV<SUP>2+</SUP>による消光反応を研究した結果、消光機構はModel 10によく一致し、ポアソン分布型の静的消光と、動的消光の複合型の消光機構であることが明らかとなった。また、この系においては二次消光速度定数が2×10<SUP>8</SUP>M<SUP>-1</SUP>s<SUP>-1</SUP>と水中と同程度に大きく、局部的な分子運動が水中と同程度おこっていることが明らかとなった。

著者

本間 善夫

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of computer chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.7, no.1, pp.21-26, 2008-03-15

被引用文献数

1 2

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Javaアプレットで動作するフリーの分子ビューアJmolを利用し,ブラウザで3D構造を参照できる生体高分子のWeb教材集を作成して公開した.Protein Data Bank(PDB)に収録されている構造データを必要に応じて加工し,Jmolスクリプトを用いて各データに適した様々な表示変更が可能になるようにしたもので,生命科学の教育・学習に活用可能である.<BR>これまで本研究室では以前広くChimeを用いて公開してきた教材を順次変換しているもので,膜タンパク質,シトクロムP450, 糖タンパク質など,種類別にしてそれぞれ構造の特徴を強調可能にすることで使いやすくしている.

著者

波田 雅彦

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.20, no.1, pp.A1, 2021 (Released:2021-06-30)

著者

Naoto SHIMIZU Hiromasa KANEKO

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.2020-0021, (Released:2021-08-14)

参考文献数

31

被引用文献数

5

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Models for predicting properties/activities of materials based on machine learning can lead to the discovery of new mechanisms underlying properties/activities of materials. However, methods for constructing models that exhibit both high prediction accuracy and interpretability remain a work in progress because the prediction accuracy and interpretability exhibit a trade-off relationship. In this study, we propose a new model-construction method that combines decision tree (DT) with random forests (RF); which we therefore call DT-RF. In DT-RF, the datasets to be analyzed are divided by a DT model, and RF models are constructed for each subdataset. This enables global interpretation of the data based on the DT model, while the RT models improve the prediction accuracy and enable local interpretations. Case studies were performed using three datasets, namely, those containing data on the boiling point of compounds, their water solubility, and the transition temperature of inorganic superconductors. We examined the proposed method in terms of its validity, prediction accuracy, and interpretability.

著者

高妻 孝光

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.19, no.3, pp.A5, 2020 (Released:2021-02-28)

著者

吉野 輝雄

出版者

SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

雑誌

The Journal of chemical software (ISSN:09180761)

巻号頁・発行日

vol.3, no.3, pp.121-128, 1996-12-25

参考文献数

2

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糖質 <SUP>13</SUP>C-NMRデータベースをファイルメーカーpro (クラリス社) を用いて作成した。このデータベースは、既報の糖質<SUP>1</SUP>H-NMRデータベース [1] との姉妹品で、<SUP>13</SUP>C-NMRデータの保存管理だけでなく、<SUP>1</SUP>H-NMRデータとの組合せ表示が可能である。このような両者の組み合わせ利用の方法は、研究教育者が構造未知の糖質のスペクトルを解析する場合に有用である。<BR>さらに、研究者が簡単に利用できるようにつぎのような工夫を加えた。i) NMRデータに化学構造式を組み合わせて視覚的に表示する。ii) 種々の検索モードが利用できる。iii) 検索データについて統計処理計算を自動的に行い、その結果を並び換えて表示する。

著者

Hiroyuki TERAMAE Kazushige OHTAWARA

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.0811200032, (Released:2008-11-22)

参考文献数

9

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We compare the CPU time and the wall clock time of the Raffenetti's P file algorithm with the usual algorithm on the two electron integrals storing with four suffixes of the ab initio Hartree-Fock calculations. The calculations are performed with the flutoprazepam, triazolam, clotiazepam, etizolam, and flutazolam molecules. These molecules are all minor-tranquilizers with the benzodiazepine or thienodiazepine backbone. The 3-21G basis sets are employed. Almost in all cases, P file algorithm gave slower speed than the usual algorithm. The number of two electron integrals increases almost two times larger than the usual algorithms. In a large molecule, the matrix of the two electron integrals becomes very sparse and the recombination of the integrals just increases the total number of the integrals. It is concluded that the P method sometimes calculates faster but sometimes does not. In a large scale calculation, it should be suggested to perform a test calculation to confirm which method is faster prior to the real calculations.

著者

Aki TAKAZAKI Kazuo EDA Toshiyuki OSAKAI Takahito NAKAJIMA

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.16, no.4, pp.93-95, 2017 (Released:2017-10-18)

参考文献数

6

被引用文献数

1

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By selectively investigating the effect of the bond valence using the hypothetical [(PO4)W12O36]3– species having various bond valences, we could clearly reveal the origin of the linear dependence of the LUMO energy (or the redox potential) on the bond valence. The LUMO of the Keggin-type polyoxotungstates mainly consists of W 5d. The energy of W 5d as well as of the LUMO goes down as the bond valence becomes large (i.e., as the net electron population on W decreases due to the electron-withdrawing effect of the μ4-O atoms). This is the origin of the linear dependence of LUMO energy on the bond valence.

著者

岩田 雅弘 吉田 俊久

出版者

SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

雑誌

Journal of Chemical Software (ISSN:09180761)

巻号頁・発行日

vol.2, no.1, pp.35-48, 1994-04-01 (Released:2009-08-13)

参考文献数

11

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文書組版処理ソフトTEX上で、化学構造式や実験装置などの図表を簡単に出力するためのマクロコマンドの開発を行った。開発したマクロコマンドは、化合物の構造式、実験器具図、その他 (周期表、ボーアモデルによる電子配置の模式図、防災ラベル) を出力するコマンドである。作成している文書中に、マクロコマンドを記述するだけで構造式などの図を出力できた。

著者

Haruo HOSOYA

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.16, no.2, pp.47-51, 2017 (Released:2017-06-06)

参考文献数

21

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The personal history of the present author's research career of almost forty-five years in the application of graph theory to chemistry is briefly described in an essay with particular reference to the author's "bright side of mathematical chemistry." The chosen topics are as follows: two seminal papers by the present author, more than 1500 citations of his topological index, Z, Hosoya polynomial, Hosoya items, more than 200 papers carrying "Hosoya" in the title, Erdös number, etc.

著者

Milan RANDIĆ

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.16, no.2, pp.42-46, 2017 (Released:2017-06-06)

参考文献数

12

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In this article we have illustrated one solved problem in chemistry, which left room for improvements. This instance is raising an issue when a solved problem is to be considered solved. As we will see by using novel tools, not known at the time of solving a problem, one can arrived at additional unknown information on the problem. We will consider several problems of chemistry, some even considered as having no exact solution, which have been solved by using previously unknown concepts in chemistry. The last problem which we consider has been solved, but the problem is still open, as it might have additional solutions.

著者

Alexandru T. BALABAN

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.16, no.2, pp.33-37, 2017 (Released:2017-06-06)

参考文献数

22

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Chemical applications of discrete mathematics and graph theory are briefly reviewed, including philosophical implications. Using the concept of dualist (inner graph-theoretical duals) it was possible to classify (cata-peri-corona classes) and enumerate benzenoid and diamondoid hydrocarbons. By associating numbers with molecular graphs, one can use these numbers (topological indices) for correlations with properties of chemical compounds − an early, simple, and rapid approach to drug design. The two types of atoms (metals and non-metals), are connected by three types pf chemical bonds (ionic, metallic, and covalent) that lead to four types pf lattices (ionic, metallic, atomic and molecular), allowing quick "2-3-4 grasp" of chemistry. The Periodic System of Elements, which is the cornerstone of chemistry and atomic physics, is in danger of being presented wrongly, devoid of the symmetry based on electronic s, p, d, and f shells; several possibilities for showing correctly these shells are discussed.

著者

篠原 祐治 中島 剛 三島 彰司

出版者

SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

雑誌

Journal of Chemical Software (ISSN:09180761)

巻号頁・発行日

vol.3, no.3, pp.109-120, 1996-12-25 (Released:2010-02-09)

参考文献数

14

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化学反応における化学種の濃度の時間変化を求めるために、反応速度式をRunge-Kutta法を用いて数値積分するプログラムを作成した。数値積分に際しては、反応に含まれる化学種の濃度の時間変化の大きさをチェックし、それに応じて積分間隔を適当に選択する手法を採用した。本プログラムを1) IO3-, H+, I2, I-, H2O2を含む溶液の振動反応、2) エステルのけん化反応、および3) 水素―臭素反応の3種類の反応に適用した。その結果、本プログラムを使用することによって、濃度の時間変化が比較的短時間で計算できることが確認された。