著者

後藤 仁志 関野 秀男 墨 智成 市川 周一

出版者

豊橋技術科学大学

雑誌

基盤研究(B)

巻号頁・発行日

2005

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本研究は大きく分けて(1)マルチ分子オブジェクト法のための分子計算プラットフォームの構築、(2)階層化分子シミュレーションのための分子計算技術の開発、(3)不均一計算タスクの負荷分散アルゴリズムの開発、の3つの部分からなる。それぞれに関する研究実績の概要を以下に示す。(1)マルチ分子オブジェクト法による並列化効率と計算精度の向上を目指し,大規模系の結晶シミュレーション技術の開発を行った。その結果,分子間相互作用エネルギー和で14桁までの精度保障を実現すると伴に,およそ4億原子で構成された直径0.1μmもの分子性結晶計算に成功した.また、実用化レベルで結晶多形間の相転移シミュレーションによる熱力学解析法の開発に成功した.(2)マルチウェーブレット基底を用いたTDHF/TDDFT時間依存シュレディンガー方程式の解法や超分極率の算定法などの開発を行なった.これらは,現時点では大規模系への適用は容易ではないが,今後,不均一系に対する密度汎関数理論の開発へ展開することが大いに期待できる結果となった.(3)分子シミュレーションの計算タスクに対して演算性能が不十分なヘテロ分散計算環境では,実践的な負荷分散アルゴリズムは困難であることが分かった.そこで,分子シミュレーションに利用されることが多いマルチコアCPUをクラスター化したヘテロ分散環境を想定し,マルチコア/マルチスレッドシステムの負荷分散アルゴリズムめ開発に着手した.

著者

後藤 仁志

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.13, no.2, pp.A5-A5, 2014-06-30 (Released:2014-06-30)

参考文献数

3

著者

五十里 洋行 後藤 仁志 小林 祐司 藤原 聖史

出版者

公益社団法人 土木学会

雑誌

土木学会論文集B2(海岸工学) (ISSN:18842399)

巻号頁・発行日

vol.75, no.2, pp.I_853-I_858, 2019 (Released:2019-10-17)

参考文献数

15

被引用文献数

1

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大規模な津波が海岸堤防を越流する際には裏法肩近傍において顕著な圧力低下が生じ,それによって被覆ブロックが離脱・流出することが知られている.本現象の再現計算においては,激流中を運動するブロックを追跡する必要があり,これまでに十分に再現可能な三次元数値モデルは存在しなかった.そこで,本研究では,移動物体の追跡の容易な粒子法を用いた数値モデルの開発を行う.本数値モデルでは,極端な負圧の発生によるtensile instabilityに対応するために圧力ノイズの低減を目的とした高精度スキームを導入するが,それに若干の修正を加えることで計算時間を5~6割程度に短縮した.本数値モデルの適用により,堤防裏法面に設置された被覆ブロックが堤越流の作用によって回転しながら離脱・流出する過程が良好に再現された.

著者

後藤 仁志

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.15, no.1, pp.A1-A2, 2016 (Released:2016-04-25)

著者

柄本 涼介 榎本 大義 後藤 仁志

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

ケモインフォマティクス討論会予稿集 第39回ケモインフォマティクス討論会 浜松

巻号頁・発行日

pp.P11, 2016 (Released:2016-09-22)

参考文献数

9

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生体内で機能しているタンパク質の多くは四次構造を形成している。この構造を予測するタンパク質ドッキングには,タンパク質間相互作用を高速に評価する手法が重要である。これまでの我々の研究において,Krishnamoorthy等らが開発した統計的粗視化ポテンシャルや,我々によるその改良ポテンシャルをスコア関数に採用したタンパク質―ペプチドリガンド複合体の高速構造探索(ペプチドリガンドドッキング)法を開発してきた。本研究では,これらの粗視化ポテンシャルをタンパク質四次構造の安定性評価に適用できるかどうか検討するため,ホスホフルクトキナーゼ四量体の多形構造を生成し,それらをAMBER力場と粗視化ポテンシャルを用いて比較した。

著者

後藤 仁志 原田 英治 高山 知司 水谷 雅裕 不動 雅之 岩本 晃幸

出版者

Japan Society of Civil Engineers

雑誌

海岸工学論文集 (ISSN:09167897)

巻号頁・発行日

vol.52, pp.781-785, 2005

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本稿では, 大波浪の襲来を受ける外洋に直面する防波堤周辺に設置された消波ブロック群の沈下機構の一つとして, 波力によるブロック群の高密度化に関して, 現地計測と数値シミュレーションの両面から検討する. 水面下のブロック群低脚部の時化後のブロック配置をマルチビームソナーにより計測し, 消波ブロック群支持層の沈下の有無を明らかにするとともに, 個別要素法型の3Dブロックモデルを用いた数値シミュレーションによって, ブロック群の高密度化過程を計算力学的に検討する.

著者

五十里 洋行 後藤 仁志 吉年 英文

出版者

公益社団法人 土木学会

雑誌

土木学会論文集B2(海岸工学) (ISSN:18842399)

巻号頁・発行日

vol.65, no.1, pp.46-50, 2009

被引用文献数

2

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In order to simulate an occurrence process of tsunami induced by a slope failure due to an earthquake, it is required to treat an elastoplastic analysis for slope failure, fluid analysis and fluid-elastoplastic interaction in the numerical model. Therefore, in this study, by using the particle method which is suitable for an analysis on large deformation of soil and complicated water surface change, the fluid-elastoplastic hybrid model is developed to simulate a complicated process of a slope failure induced tsunami. In this model, an elastoplastic analysis including large deformation of soil and a fluid analysis are unified.

著者

清水 裕真 Abbas KHAYYER 後藤 仁志

出版者

公益社団法人 土木学会

雑誌

土木学会論文集B2(海岸工学) (ISSN:18842399)

巻号頁・発行日

vol.75, no.2, pp.I_799-I_804, 2019 (Released:2019-10-17)

参考文献数

24

被引用文献数

1

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津波や高潮襲来時の流体力による構造物の変形や破壊,タンク内液体のスロッシング現象や船舶のスラミング現象など,流体-構造連成問題(FSI問題)は海岸工学分野に関わるものが多いが,その対策の検討には数値波動水槽の活用が有用である.粒子法は完全Lagrange型数値解析手法の一つであり,大変形を伴う界面の取り扱いに優れる.その特性を活かし,近年様々な完全Lagrange型構造解析モデルおよびFSIソルバーが開発されてきた.しかしながら,これまでに提案された手法はそのほとんどが構造解析に陽解法型のアルゴリズムを用いているため,高Young率構造物の動的解析には極めて微小な時間刻み幅が必要となり,計算コストの増大および連成解析時における流体との時間刻み幅の差異が問題となる.そこで本研究では,高次の時間発展スキームに基づいて導出した陰解法型完全Lagrange型構造解析手法を開発し,非圧縮性流体と高Young率弾性構造物のFSI解析を通して提案手法の検証を行う.

著者

後藤 仁志 林 稔 安藤 怜 酒井 哲郎

出版者

Japan Society of Civil Engineers

雑誌

水工学論文集 (ISSN:09167374)

巻号頁・発行日

vol.47, pp.547-552, 2003-02-10 (Released:2010-06-04)

参考文献数

11

被引用文献数

1 5

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The Lagrangian model of solid-liquid two phase flow is proposed by combining the Moving Particle Semi-implicit (=MPS) method with the Distinct Element Method (=DEM). The governing equations of two fluid model is discretized by the MPS method, with the model of interparticle collision in solid phase based on the DEM. The relationships of present model with the previous Lagrangian model of a motion of single sediment particle and the non-Newtonian fluid model are discussed. The performance of the present model is investigated by simulating the dropping lump of mud into still water. By comparing the solutions of three models, such as the present model; the two fluid model by the MPS method without the DEM; and the MPS method with the passively moving solids module, the effect of cohesion of mud is reproduced well by the present model.

著者

原田 英治 五十里 洋行 後藤 仁志 菅原 康之 松藤 慶之

出版者

公益社団法人 土木学会

雑誌

土木学会論文集B2(海岸工学) (ISSN:18842399)

巻号頁・発行日

vol.71, no.2, pp.I_487-I_492, 2015 (Released:2015-11-10)

参考文献数

16

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波打ち帯での遡上波の打上げと打下げの相互干渉は,砕波を伴う複雑な自由水面の変化をもたらす.また,透水性を有した斜面での浸透・滲出流の存在は,底面掃流力に影響するが,ドライベッドへの打上げは底面掃流力の急変をもたらすため,漂砂量の見積に大きな影響をおよぼす.本研究では,複雑な水表面境界と移動床境界を追跡するため,波動場計算にMPS法を採用し,移動床計算にDEMを用いたMPS-DEMカップリングによる数値シミュレーションを実施する.計算で得られた礫浜斜面における浸透・滲出流による圧力勾配力の位相別岸沖分布から,海浜変形計算に対する浸透流の重要性が示された.また,特に掃流力が強く,顕著な浸透流が見込まれる領域では,浸透流を考慮した漂砂量予測の重要性が示唆された.

著者

後藤 仁志 Khayyer Abbas 五十里 洋行 堀 智恵実

出版者

公益社団法人 土木学会

雑誌

土木学会論文集B2(海岸工学) (ISSN:18842399)

巻号頁・発行日

vol.65, no.1, pp.41-45, 2009 (Released:2010-02-09)

参考文献数

7

被引用文献数

1

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The paper presents a 3D-CMPS method for refined simulation of a plunging breaking wave and resultant splash-up. The Corrected MPS (CMPS) has been extended to three dimensions and 3D-CMPS method has been developed on the basis of 3D-MPS method. To enhance the computational efficiency of the calculations, the parallelization of 3D-CMPS method has been carried out with two different solvers of simultaneous linear equations corresponding to the Poisson Pressure Equation (PPE). The parallelization has been performed based on a dynamic domain decomposition strategy for an optimized load balancing among the processors.

著者

後藤 仁志

出版者

公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

雑誌

日本化学会情報化学部会誌 (ISSN:09133747)

巻号頁・発行日

vol.24, no.5, pp.162-162, 2006 (Released:2007-01-13)

参考文献数

27

著者

後藤 仁志

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.11, no.1, pp.A1-A2, 2012-04-28 (Released:2012-05-10)