著者

佐藤 まみ 中山 二郎

出版者

日本乳酸菌学会

雑誌

日本乳酸菌学会誌 (ISSN:1343327X)

巻号頁・発行日

vol.21, no.2, pp.95-106, 2010 (Released:2012-04-01)

参考文献数

56

被引用文献数

1 2

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近年の抗生物質濫用により、薬剤耐性菌が高頻度で出現し、広く社会で問題となっている。細菌が個体間でコミュニケーションを取り、菌密度を把握しながら種々の遺伝子発現を制御する機構はクオラムセンシング (以下、QS)と呼ばれており、近年、いくつかの病原性細菌の病原因子生産がQSにより制御されている事例が多く報告されている。QSの阻害は病原因子の生産のみを特異的に抑制すると考えられるため、新規薬剤開発のターゲットとして期待されている。本稿では、特にグラム陽性細菌のペプチドクォルモンを誘導因子とするQSについて、また、その阻害剤開発の現状と将来性について解説する。

著者

中山 二郎

出版者

日本食生活学会

雑誌

日本食生活学会誌 (ISSN:13469770)

巻号頁・発行日

vol.29, no.3, pp.137-140, 2018 (Released:2019-02-01)

参考文献数

3

被引用文献数

1

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Asia differs substantially among and within its regions populated by diverse ethnic groups with different cultures and unique diets. Asian Microbiome Project, which is a consortium research project participated by ten Asian countries, is investigating on the gut microbiome diversity which may link with these diverse diets. Thus far, we found country-specific features as well as enterotype-like global variations in the Asian microbiomes. Notably, Japanese have unique features such as less alpha- and beta-diversities, low abundance of potentially pathogenic bacteria groups and high abundance of Bifidobacterium. This may reflect unique Japanese life and dietary styles. Regarding enterotypes, majority of southeast Asian populations carry the Prevotella-type (P-type) in reflection of high consumption of rice. However, a cross-sectional study on the gut microbiota of school-age children on Leyte island in Philippines showed the enterotype-shift from P-type to Bacteroides/Bifidobacterium-type (BB-type), which associated with dietary Westernization. Another cross-sectional study on Thai children further indicated decrease of short chain fatty acid concentration in the feces of children in urban city, who consumed much less vegetables compared with children in rural city. Altogether, although Asian people have evolved their gut microbiomes in association with their unique diets, current urbanization hampers their structure and function. It warrants further studies on the impact of altered gut microbiomes on the health of Asian people.

著者

中山 二郎 田中 重光 Prapa Songjinda 立山 敦 坪内 美樹 清原 千香子 白川 太郎 園元 謙二

出版者

公益財団法人 腸内細菌学会

雑誌

腸内細菌学雑誌 (ISSN:13430882)

巻号頁・発行日

vol.21, no.2, pp.129-142, 2007 (Released:2007-05-31)

参考文献数

26

被引用文献数

4

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腸内細菌叢とアレルギーとの関連性が多くの研究によって示唆されており,アレルギー罹患幼児と非罹患幼児との間では,生後すぐに始まる腸内細菌による免疫系への刺激に何らかの差があることが想定される.しかし,アレルギー疾患発症には,その他先天的要因や生活要因なども関係し,腸内細菌叢の偏倚とアレルギーとの関連性解明には大規模な疫学調査が必要である.そして,そのためには多数の糞便サンプルの菌叢を迅速・簡便かつ高精度に解析するシステムの確立が必須である.本稿では,一連の分子生物学的手法について,それぞれの長所・短所を再考し,乳幼児を対象としたアレルギーと腸内細菌叢に関する疫学調査研究に相応しい腸内細菌叢解析法を検討した.DGGE法およびT-RFLP法は優勢種の相対的存在比の情報に限られるが,フローラの全体像を迅速に把握することができ,サンプル間の菌叢比較に優れている.定量的PCR(Q-PCR)法は精度・感度において他の方法を凌駕し,DGGEやT-RFLPなどで全体像を把握した後,対象を限定し解析する場合に有効である.ランダムシーケンス法では,菌種レベルでの信頼性の高い細菌叢データを得ることができる.マイクロアレイ解析は網羅的な菌叢解析を可能にしており,今後,本分野における有効利用が期待される.

著者

内川 彩夏 田中 優 中山 二郎

出版者

日本乳酸菌学会

雑誌

日本乳酸菌学会誌 (ISSN:1343327X)

巻号頁・発行日

vol.28, no.2, pp.74-83, 2017-06-26 (Released:2018-08-31)

参考文献数

36

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ほぼ無菌状態で生誕するヒトの腸管には、出生とともに様々な細菌が定着を始める。そして成長とともに食事が母乳から離乳食、そして大人と同様の食事を摂取するようになるまで、腸内細菌叢はダイナミックかつ多様な変化をしながら成熟していく。この複雑な過程を微生物学と生体医学の原理で理解することが腸内細菌学の一つのゴールと言えよう。世界中の腸内細菌学者がこの目標達成のために、新生児の腸内細菌叢の形成過程を詳細に調査し、また世界中のヒトの腸内細菌叢データを収集している。特に、近年の次世代シーケンサーの登場により、腸内細菌叢のプロファイル化が容易になり、この分野の研究が爆発的に進展している。著者らも、国内の新生児 200 名以上の腸内細菌叢の変遷データを収集し、また、Asian Microbiome Project(AMP)を設立し、アジア人老若男女の腸内細菌叢データを網羅的に収集している。本総説では、それらのデータを紹介しながら、ヒトの腸内細菌叢のダイナミズムとダイバーシティーについて考察する。

著者

中山 二郎

出版者

Brewing Society of Japan

雑誌

日本醸造協会誌 (ISSN:09147314)

巻号頁・発行日

vol.108, no.10, pp.724-733, 2013 (Released:2018-02-13)

参考文献数

32

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100兆個の細菌を保有するヒトの腸管は巨大なバイオリアクターと言っても過言ではなく,腸内細菌を調べれば,その人の食生活や健康状態の一端がわかる。ヒトの腸管は胎児期には無菌であるが,誕生後,生育環境や成長に伴う食生活の変化によって各人の腸内フローラが形成され,各人の健康と密接に関連していく。腸管は単に栄養や水分を吸収するためだけの器官ではなく,そこに生育する腸内細菌とともに免疫系,神経系,内分泌系といった様々な生体機能に影響することが明らかにされつつある。本報は,以上について解説をしていただいたので,ぜひともご一読いただきたい。

著者

中山 二郎

出版者

公益財団法人 日本ビフィズス菌センター

雑誌

腸内細菌学雑誌 (ISSN:13430882)

巻号頁・発行日

vol.25, no.4, pp.221-234, 2011 (Released:2011-11-16)

参考文献数

72

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一見孤立無縁に生きているように見える単細胞生物である細菌も,細胞間でコミュニケーションをとりながら,集団として生育し,集団としてのパワーを最大限に発揮していることが分かってきた.細菌の場合は,細胞間コミュニケーションの媒体として化学物質を利用することが多い.中でもよく研究されているのが,クオラムセンシングと呼ばれる現象で,同種菌の生産するシグナル物質“オートインデューサー”の菌体外濃度を感知することで,同種菌の菌密度を感知し,それに合わせて,さまざまな遺伝子の発現をコントロールするというものである.本稿では,このような細菌の細胞間ケミカルコミュニケーションの分子機構について,グラム陰性菌からグラム陽性菌までその知るところを概略し,紹介する.

著者

是則 有希 Jiahui Jiang 中山 二郎

出版者

日本乳酸菌学会

雑誌

日本乳酸菌学会誌 (ISSN:1343327X)

巻号頁・発行日

vol.23, no.1, pp.24-34, 2012-03-15 (Released:2015-01-06)

参考文献数

15

被引用文献数

2

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16S rRNA遺伝子配列解析に基づくピロシークェンス法は、腸内細菌叢の群集構造をシークェンスレベルでプロファイル化できる点で非常に有用である。この系では、細菌の16S rRNA遺伝子を網羅的かつ偏りなく増幅させ、かつその断片から有効的に系統分類情報が得られるユニバーサルプライマーと、得られたバッチシークェンスデータを菌叢データに忠実に変換するアルゴリズムの設計が重要である。本稿では、その現状と問題点を中心に議論する。

著者

小野 浩 西尾 翔子 釣井 隼 河本 哲宏 園元 謙二 中山 二郎

出版者

公益社団法人日本生物工学会

雑誌

日本生物工学会大会講演要旨集

巻号頁・発行日

vol.67, 2015-09-25

著者

東 佳那子 中山 二郎

出版者

公益財団法人 日本ビフィズス菌センター

雑誌

腸内細菌学雑誌 (ISSN:13430882)

巻号頁・発行日

vol.29, no.3, pp.135-144, 2015 (Released:2015-08-01)

参考文献数

16

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次世代シーケンサー(NGS)が登場し,自然界の複雑な微生物コミュニティーのプロファイリングが実現可能となった.100兆個100種を超える細菌がひしめく腸内フローラの研究にも今やNGSは必須のアイテムとなった.しかし,NGSは進化を続け世代交代の時期を迎えている.それにともないNGSを用いる菌叢解析のプラットフォームも変更の必要性が生じる.ここでは,これまで腸内細菌叢研究に最も多く用いられてきたロシュ社454ピロシーケンサーと,近年発展の目覚しいイルミナ社MiSeqのデータを比較検討した.また,シーケンスする16S rRNAの可変領域の検討もin silicoと実際のサンプルデータの両者を用いて行った.その結果,系統解析にはV3-V4が最も良好な結果を与えた.定量性はV6-V8が全体的に良好な結果を示したが,ユニバーサルプライマーによる一部の細菌グループに対する増幅効率のバイアスがどの領域でも見られた.しかし,UniFrac-PCoA解析にて示される菌叢の全体的な傾向はどのデータでも同様に観察され,NGSによる腸内細菌叢解析の堅牢性が示された.数あるNGSの中において,MiSeqはランニングコストや操作性という観点からも腸内細菌叢解析に適しており,今後本分野の研究に頻用されていくであろう.

著者

小野 浩 中山 二郎

出版者

日本乳酸菌学会

雑誌

日本乳酸菌学会誌 (ISSN:1343327X)

巻号頁・発行日

vol.25, no.1, pp.3-12, 2014-03-17 (Released:2015-07-02)

参考文献数

30

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発酵食品中には乳酸菌をはじめとする様々な細菌類が存在していることが知られている。近年、次世代シーケンサーを用いた菌叢解析法が発酵食品の細菌叢解析にも利用されるようになり、これまで見ることができなかったフローラの深部に焦点を当てることが可能となってきた。本稿では著者らの糠床の菌叢解析の研究を中心にピロタグ法を用いた発酵食品の細菌叢解析の有効性について述べる。

著者

東 佳那子 中山 二郎

出版者

JAPAN BIFIDUS FOUNDATION

雑誌

腸内細菌学雑誌 (ISSN:13430882)

巻号頁・発行日

vol.29, no.3, pp.135-144, 2015

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次世代シーケンサー(NGS)が登場し,自然界の複雑な微生物コミュニティーのプロファイリングが実現可能となった.100兆個100種を超える細菌がひしめく腸内フローラの研究にも今やNGSは必須のアイテムとなった.しかし,NGSは進化を続け世代交代の時期を迎えている.それにともないNGSを用いる菌叢解析のプラットフォームも変更の必要性が生じる.ここでは,これまで腸内細菌叢研究に最も多く用いられてきたロシュ社454ピロシーケンサーと,近年発展の目覚しいイルミナ社MiSeqのデータを比較検討した.また,シーケンスする16S rRNAの可変領域の検討もin silicoと実際のサンプルデータの両者を用いて行った.その結果,系統解析にはV3-V4が最も良好な結果を与えた.定量性はV6-V8が全体的に良好な結果を示したが,ユニバーサルプライマーによる一部の細菌グループに対する増幅効率のバイアスがどの領域でも見られた.しかし,UniFrac-PCoA解析にて示される菌叢の全体的な傾向はどのデータでも同様に観察され,NGSによる腸内細菌叢解析の堅牢性が示された.数あるNGSの中において,MiSeqはランニングコストや操作性という観点からも腸内細菌叢解析に適しており,今後本分野の研究に頻用されていくであろう.<br>