著者

Amih SAGAN 長岡 伸一 寺前 裕之 長嶋 雲兵

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.2011-0022, (Released:2012-06-06)

参考文献数

18

---

窒素分子N2は3重結合を持つ等核2原子分子として多くの教科書に紹介されているが,その電子状態に関する記述は最高占有軌道を σ 型とするものと π 型とするものがあり,まだ定まっていない.本論文では核間距離に関する分子軌道エネルギーの変化を示し,平衡核間距離付近の窒素分子N2最高占有軌道が π 型であることを示す.用いた計算方法はRHF/6-311G**である.平衡核間距離(1.0703 Å )近傍の最高占有軌道は π 型であるが,核間距離が1.045 Å より短くなると σ 型となる.

著者

本間 善夫

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A22-A23, 2022 (Released:2023-03-24)

参考文献数

9

---

国内外で多くの方に利用されている原子・分子構造モデリング・可視化ソフトウェアWinmostar原作者の千田範夫さんが2021年に逝去された.独学でプログラミングを習得し,Winmostarを公開された業績は極めて大きなものがある.また全国各地で開催された公開イベントに出展され,分子の魅力を幅広くアピールし続けた一部を紹介したい.

著者

望月 祐志 中野 達也 坂倉 耕太 渡邊 啓正 佐藤 伸哉 奥脇 弘次 秋澤 和輝 土居 英男 大島 聡史 片桐 孝洋

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.4, pp.106-110, 2022 (Released:2023-04-29)

参考文献数

33

被引用文献数

1

---

We have been developing the ABINIT-MP program for fragment molecular orbital (FMO) calculations over 20 years. Several improvements for accelerated processing were made after the release of Open Version 2 Revision 4 at September 2021. Functionalities were enhanced as well. In this short report, we summarize such developments toward the next release of Revision 8.

著者

高原 渉 大澤 博史 岡田 錬

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.4, pp.90-93, 2022 (Released:2023-04-15)

参考文献数

11

---

In this study, we used a benchmark dataset to evaluate the impact of scaling with the extrapolation domain on the prediction performance of machine learning algorithms. We pseudo-divided the data into the interpolation domain (training data) and the extrapolation domain (test data) using a combination of UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) and material domain knowledge. In anticipation of bridging interpolation and extrapolation domains in nonlinear machine learning algorithms, we evaluated how the scaling considering the extrapolation domain affects prediction performance in the extrapolation domain. For this evaluation, we used three nonlinear algorithms widely used in the MI (Materials Informatics) domain: XGB (XGBoost) regression, GP (Gaussian Process) regression, and SVR (Support Vector Regression). In this study, by defining the pseudo extrapolation domain, we established the approach for evaluating the prediction accuracy of machine learning models in the extrapolation domain, which is considered difficult to evaluate quantitatively. We also demonstrated that this method, which uses scaling that considers the extrapolation domain, is an effective method for improving prediction accuracy in the extrapolation domain while maintaining prediction accuracy in the interpolation domain.

著者

中村 恵子

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A7-A11, 2022 (Released:2023-03-24)

参考文献数

9

---

コンピュータ化学会創立ならびにJournal of Computer Chemistry, Japanの発行20周年を記念して,創設期の先生がたから受け継いだものと新しい時代の流れに即して変化を重ねてきた部分を振り返るとともに,ジャーナルの現状と未来についての私見を述べる.

著者

中村 恵子

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A25-A27, 2022 (Released:2023-03-24)

参考文献数

1

---

2021年9月に亡くなられた世界的に有名な化学計算ソフトWinmostar開発者の千田範夫さんと数年間にわたってご一緒させていただいたサイエンスコミュニケーション活動を振り返り,千田さんとの思い出を語る.

著者

吉村 忠与志

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A24, 2022 (Released:2023-03-24)

著者

古賀 良太 坂牧 隆司

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A18-A21, 2022 (Released:2023-03-24)

著者

薄井 玲子

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.3, pp.A12-A17, 2022 (Released:2023-03-24)

---

筆者が30年来憧れている千田範夫さんが亡くなってしまわれた.とても悲しく,寂しい.私が千田さんに憧れていることはご本人にもお伝えしているし,今までも方々で公言しているが,いま一度改めてお伝えするとともに,私が事務局を務めているCAMMフォーラムに千田さんがかつて寄稿された原稿をご紹介して,千田さんのご功績とお人柄を残したい.

著者

原田 隆平 Vladimir Sladek 重田 育照

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.18, no.5, pp.199-201, 2019 (Released:2020-02-26)

参考文献数

7

---

Nontargeted parallel cascade selection molecular dynamics (nt-PaCS-MD) is a rare event sampling method of proteins, which does not rely on knowledge of the target structure. nt-PaCS-MD is an extension of targeted PaCS-MD (t-PaCS-MD). In nt-PaCS-MD, it makes use of cyclic resampling from some relevant initial structures to expand the searched conformational subspace. Reliable identification of these initial structures is the key to using nt-PaCS-MD. In the present study, we introduce the moving root-mean-square deviation (mRMSD) as a metric for identification of these statistical conformation outliers. mRMSD can be calculated for any ith geometry in the trajectory generated by short MD runs. The reference to which the mRMSD relates is the close surrounding of the ith conformation, often the (i-1) st one. Based on mRMSD, we show that it increases its effectiveness compared to the conventional MD.

著者

坂本 雅志 藤芳 明生

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.17, no.5, pp.193-195, 2018 (Released:2019-02-16)

参考文献数

1

---

This paper proposes the use of regular expressions for chemical structure search. As regular expressions dramatically improve the convenience of string search, a regular expression extension for SMILES can improve the convenience of chemical structure search.The regular expression extension for SMILES is obtained from the existing SMILES notation by adding the curly brackets “{” and “}” for range specifications, the vertical bar “|” for enumerations of choices, the asterisk “*” for repetitions of 0 or more times, and the plus“+” for repetitions of 1 or more times. Software for chemical structure search using the extended SMILES was implemented and released.

著者

太刀川 達也

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.21, no.2, pp.A3-A4, 2022 (Released:2022-11-16)

著者

長沼 優人 石橋 太祐 奥山 克彦

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.20, no.4, pp.129-131, 2021 (Released:2022-03-17)

参考文献数

4

被引用文献数

1

---

Abstract: Electronic spectra for the first 275-nm absorption system of phenyl isocyanate observed in a room temperature and in a jet were assigned with an assistance of quantum-chemistry calculation. All vibronic bands in a jet were diffuse with a width of 18 cm−1, indicating the lower limit of the life time was 204 fs. A suitable pair of a theoretical method and a basis set was selected among combinations of B3LYP, CAM-B3LYP, and MP2 and 18 kinds of basis sets on the basis of molecular-orbital energies and the rotational constant spectroscopically observed. B3LYP/cc-pVTZ and B3YP/aug-cc-pVDZ gave us good results. Time-dependent calculation was performed by two pairs. It was found out that the 275-nm absorption system was assigned as the first ππ* and third excited state and that twonπ* states with a very small oscillator strength were lying in the infrared and visible region. The fast relaxation process observed in a jet was due to an internal conversion to two nπ* states.

著者

寺西 慶 石川 敦之 中井 浩巳

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.15, no.2, pp.A15-A29, 2016 (Released:2016-08-10)

参考文献数

115

被引用文献数

3 4

---

アルカノールアミンによるCO2の化学吸収法は,発電所などの大規模CO2排出源における排出削減措置として現在最も有効な手段の1つと考えられている.現在,主にCO2回収過程におけるエネルギーコストの削減を目的として様々な吸収液が開発されており,CO2吸収液に用いられるアミンの分子設計が実験・理論の両面から精力的に進められている.本稿では,CO2とアミンの化学反応の理解・分析において理論計算,特に量子化学計算および第一原理分子動力学計算がどのように用いられてきたかを解説する.

著者

波田 雅彦

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.20, no.1, pp.A1, 2021 (Released:2021-06-30)

著者

中野 達也 望月 祐志 甘利 真司 小林 将人 福澤 薫 田中 成典

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.6, no.3, pp.173-184, 2007-09-15 (Released:2007-10-19)

参考文献数

57

被引用文献数

2 1

---

1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。本稿では、FMO法の概要と、多層FMO(MLFMO)法に基づいたタンパク質の励起状態計算、及びFMO法に基づいたconfiguration analysis for fragment interaction (CAFI)やvisualized cluster analysis of protein-ligand interaction (VISCANA)といった解析方法について報告し、FMO法の今後について展望する。

著者

塚本 貴志 加藤 幸一郎 加藤 昭史 中野 達也 望月 祐志 福澤 薫

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.14, no.1, pp.1-9, 2015 (Released:2015-03-30)

参考文献数

23

被引用文献数

26 40

---

フラグメント分子軌道(Fragment Molecular Orbital; FMO)法はタンパク質などの巨大分子の電子状態計算を可能にする方法であり,FMO計算によって得られるフラグメント間相互作用エネルギー(Inter Fragment Interaction Energy; IFIE)がタンパク質-リガンド間相互作用などを理解する上で有用であるため創薬研究などに用いられている.本研究ではFMO計算プログラムABINIT-MP及びそのプリポストBioStation Viewerに,IFIEを静電相互作用エネルギー(ES),交換反発エネルギー(EX),電荷移動相互作用エネルギー(CT+mix),分散エネルギー(DI)の4つのエネルギー成分に分割・解析できる機能PIEDA (Pair Interaction Energy Decomposition Analysis)を実装し,複数のタンパク質-リガンド系で実証計算を行った.その結果,ノイラミニダーゼ-オセルタミビル,EGFRチロシンキナーゼ-エルロチニブ,エストロゲン受容体-リガンド複合体の3つの系がそれぞれ異なる特徴的なタンパク質-リガンド間相互作用を持っていることが示され,IFIEを各エネルギー成分に分割して評価できるPIEDAの有用性が示された.

著者

Naoto SHIMIZU Hiromasa KANEKO

出版者

Society of Computer Chemistry, Japan

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.2020-0021, (Released:2021-08-14)

参考文献数

31

被引用文献数

5

---

Models for predicting properties/activities of materials based on machine learning can lead to the discovery of new mechanisms underlying properties/activities of materials. However, methods for constructing models that exhibit both high prediction accuracy and interpretability remain a work in progress because the prediction accuracy and interpretability exhibit a trade-off relationship. In this study, we propose a new model-construction method that combines decision tree (DT) with random forests (RF); which we therefore call DT-RF. In DT-RF, the datasets to be analyzed are divided by a DT model, and RF models are constructed for each subdataset. This enables global interpretation of the data based on the DT model, while the RT models improve the prediction accuracy and enable local interpretations. Case studies were performed using three datasets, namely, those containing data on the boiling point of compounds, their water solubility, and the transition temperature of inorganic superconductors. We examined the proposed method in terms of its validity, prediction accuracy, and interpretability.

著者

中井 浩巳

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

pp.2021-0020, (Released:2021-08-14)

参考文献数

130

---

日本コンピュータ化学会(SCCJ)は,日本化学プログラム交換機構(JCPE)と化学ソフトウェア学会(CSSJ)が合併して2002年1月1日に設立され,まもなく創立20周年を迎える.この記事では,コンピュータ化学に関連する文献を紹介することにより,SCCJの過去20年間を振り返りる.まず,化学,物理学,工学,材料科学,生化学などの研究分野ごとに文献数を比較する.次に,引用数の多い上位100位の文献のいくつかを,方法論,ソフトウェア,データベース,およびトピックに分類して説明する.

著者

時田 澄男

出版者

日本コンピュータ化学会

雑誌

Journal of Computer Chemistry, Japan (ISSN:13471767)

巻号頁・発行日

vol.14, no.1, pp.A6-A10, 2015 (Released:2015-03-30)

参考文献数

13

被引用文献数

2 2

---

水素原子のなかの電子を描くいろいろな手法を比較した.電子の存在確率をガラスブロック内に実3次元で彫刻する方法における確率の雲(電子雲)の物理的意味を,確率密度の分布図を描くことにより説明した.