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ぽろっ (@mamedaifuku1660)

投稿一覧（最新100件）

2577 0 0 0 OA Breakthrough: Chloroquine phosphate has shown apparent efficacy in treatment of COVID-19 associated pneumonia in clinical studies

クロロキンはウィルスの細胞内への取り込みを疎外するんですね。 作用機序は、エンドソームに集積してpHを上げる（アルカリ性）とウィルスは細胞内に放出されなくなる。 特異的にタンパク質に結合するHIV薬やファビピラビルは微妙で、人の細胞内の環境を変化させるクロロキン https://t.co/EyyECesCeV

お気に入り一覧（最新100件）

62 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(実践編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

32 0 0 0 OA AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測(基礎編)

続・生物工学基礎講座－バイオよもやま話－ AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（基礎編） 富井 健太郎 https://t.co/PpKZ0T3yQh AlphaFoldによるタンパク質立体構造予測（実践編） 大上 雅史 https://t.co/SqdpB8fhwk AFについて、基礎から実戦までわかりやすく記されていて勉強になりました。

3 0 0 0 OA cDNA displayによる分子デザイン―mRNA display(in vitro virus)からcDNA displayへ―

cDNAディスプレイというものを知る https://t.co/YvUw7ll0oR cDNA displayによる分子デザイン―mRNA display（in vitro virus）からcDNA displayへ―

355 0 0 0 OA エントロピーとモデルの尤度(<講座>物理学周辺の確率統計)

日本物理学会誌は宝の山。よく聞くようになった AIC、ご本人による解説。https://t.co/x0LFQihyZK 確率とは不確実性の下での決定の評価という主観的、心理的な側面をもつ。ボルツマンは統計的分布と確率との橋渡しをした。物理を超えて人類の知的活動の全分野におよぶ。 これ理解しなきゃ。

47 0 0 0 OA タンパク質の言語モデル

総説1編目は、東大・山口さんらによる「タンパク質の言語モデル」です。大規模言語モデルが世間を賑わしていますが、言語モデルの応用は自然言語処理にとどまりません。本稿ではタンパク質に対しても言語モデルが利用でき、かつそのポテンシャルを解説いただきました。https://t.co/8cdjtV2MjV

56 0 0 0 OA 深層学習を用いた構造モデリングと評価,その最近の展開

AlphaFold2の登場で深層学習による構造モデリングの有用性が広く知られるようになりました。そうした発展を学べる日本語で書かれた総説で、AlphaFold2の原理と限界についても解説されています。 https://t.co/z4gNd22fSd

3 0 0 0 OA フラグメント分子軌道計算による構造解析

日本結晶学会誌「フラグメント分子軌道計算による構造解析」https://t.co/6738DcDON3 MD 計算よりも正確なリガンド結合エネルギーを出せるという利点はよく伝わってきたが、相互作用を客観的にに指摘できるので「PDB への構造登録前の FMO 計算が有用であることを強調したい」というのは言い過ぎでは。

23 0 0 0 標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった

標的タンパク質の構造情報のみから結合タンパク質の設計が可能になった https://t.co/rJbVbq9QZy ファルマシア誌のトピックスにCao L. et al., Nature 2022 "Design of protein-binding proteins from the target structure alone" https://t.co/fMHPpiKy41 を紹介する日本語の記事を書きました。

153 0 0 0 OA AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

2編目は、東大・森脇さんによる「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」です。急激な発展と展開を見せているタンパク質立体構造予測の関連問題に関して、トップランナーの森脇さんに歴史的経緯からこれからの展望までを執筆いただきました。https://t.co/dwU5lGqB77

9 0 0 0 OA Servalcatによるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算

日本結晶学会誌「Servalcat によるクライオ電子顕微鏡単粒子解析の構造精密化とマップ計算」https://t.co/W24Fly8rDQ 電顕マップの sigma 値は box size に依存してしまうから、論文の図で ○ sigma と書く時は注意が必要という指摘は、言われてみればそうだが、気づかずにいた。

143 0 0 0 OA 制御工学者のための強化学習入門

京大加嶋先生et al.のこの強化学習の解説はすばらしい。 https://t.co/jXLQHjFIKh 既存の強化学習の解説の大半は、たぶんゲームとかの応用が頭に入っている人はいいのかもしれないけど、ゲーマーじゃないおれには理解不能だった。こういう風にズバっと問題設定を言ってほしかった。さすが。

3 0 0 0 OA クロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析

日本結晶学会誌「クロマチンのクライオ電子顕微鏡構造解析」 https://t.co/IWzZN8SynB Nucleosome 関係は最近構造がたくさん出て圧倒されていたので、簡潔な紹介で助かった。 ただ、誤字脱字や文章がおかしいところが目立った。 > 得られた鳥ヌクレオソームの立体構造 →「トリヌクレオソーム」

3 0 0 0 OA 透過型電子顕微鏡用カメラの基礎と技術動向

顕微鏡「透過型電子顕微鏡用カメラの基礎と技術動向」https://t.co/EinJF43Mw0 Gatan の人による解説。 CCD の黎明期には直接検出だったのがダイナミックレンジ等の問題で間接検出になり、CMOS の登場で直接検出が実用的になったのか。

16 0 0 0 OA KEKの共同利用型クライオ電子顕微鏡の利用方法

日本結晶学会「KEK の共同利用型クライオ電子顕微鏡の 利用方法」https://t.co/WxaXQNd1x9 電顕の経験がない状況で、ここまでユーザフレンドリな形で共同利用の仕組みを立ち上げたのは大したものだと思う。4 節のサンプル最適化のコツも有用。 Falcon4 導入によるスループット向上で今後も期待できる。

11 0 0 0 OA タンパク質の立体構造情報はどのようにアミノ酸配列に埋めこまれているか?

フォールディング関係だと金城さんが2006年に書いた総説が今読んでも面白いしおすすめ。 https://t.co/w96cB0IZcA

51 0 0 0 OA わが国におけるバイオインフォマティクス人材を取り巻く現状 人材に関するアンケート調査結果

わが国におけるバイオインフォマティクス人材を取り巻く現状　人材に関するアンケート調査結果 https://t.co/FQtE5SC6dD

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